代谢通路和信号传导网络分析工具

1.KEGG数据库

该数据库是关于基因、蛋白、酶代谢子、药物、生化反应以及通路的综合数据库。该数据库实际由多个子数据库构成，最著名的当属通路KEGG PATHWAY数据库，它是目前被广泛使用的通路数据库。其中包含上千个物种的代谢与信号传导通路信息，这些信息从生物学实验和文献中提取，并经过人工校正。实时更新的管理模式也是人们能够从该数据库获得最新的通路数据。

2.Reactome数据库

该数据库是一个包含多种信息的通路数据库，存储了大量的代谢通路信息及生化反应信息，这些信息从生物学实验和文献中提取，并经过人工校正。该数据库中所有的生物过程中的反应以分层次的方式组织起来的，较低的层次对应着反应。教高层次的代表着通路。

3.Pathway common 数据库

该数据库是一个包含了生物通路信息及蛋白互作信息的多物种综合数据库，它包含了来自Reactome HumanCye HPRD等多个数据库的信息，因此可以作为获得公共通路数据库通路信息的一个接口。

4.WikiPathways数据库

该数据库是一个开放的共同协作的通路数据库平台。该数据库平台允许任何人创建新的通路数据，并由专业的生物砖家进行校正，因此该数据库对现有的通路数据库如1、2进行了补充。虽然目前还不够强大， 但是该数据库的共同协作模式将极大的改善通路数据库的规模

5.PID数据库

该数据库是人类细胞信号通路的数据库，存储了大量的信号通路和关键的反应以及各种分子互作。PID中包含了三个不同来源的数据，第一来源是NCI组织校正的通路，这种通路是从同行评议的文献中获得的，第二个来源是来自Reactome数据库，第三个是KEGG数据库。