手把手带你用UCSC查找心仪基因转录因子

UCSC（University of California Santa Cruz）作为生物领域里常用的数据库之一，整合了各大数据库的基因注释、基因表达、调控、变异等等各种基因组数据信息，不仅可以可视化浏览和数据挖掘，还能下载用于生信分析的fasta、GTF或BED文件和比较作图，听到这里，研究转录调控并且手里有感兴趣基因的老师是不是想问：这个数据库能找到可能调控我的目标基因的转录因子吗？可否来个“栗子”尝一尝？下面就以DUSP2为例，让小编带大家体验一下查找过程~

首先在Genomes中选定物种及参考基因组版本，输入感兴趣的基因名称DUSP2，点击“GO”；

确认基因信息后点击进入GenomeBrowser界面，如图默认显示该段基因序列上的数据信息，并且可通过zoom out和zoom in缩放视图；

怎么没有看到我想要的转录因子呢？不要着急，我们可以先点击“3X”zoom out放大一下视野，然后track图下方找到“configure”，点击即可跳转到新界面；

在新界面找到“Regulation”将自己感兴趣的转录因子（或者也可以添加组蛋白修饰及其他调控元件）栏设置成“full”，点击“submit”后就会在GenomeBrowser的视图中添加显示组蛋白修饰或者转录因子的track。

过程是不是非常简单，但是要注意哦，这里只是列明ENCOOD数据库中不同样本在该基因序列上不同转录因子结合位点，自己实验样本中转录因子的实际结合情况还得做实验验证。

做生信分析的小伙伴儿都知道，很多分析绘图过程需要使用bed.文件，就想问这里是否能直接下载呢？那就来试试TableBrowser吧，以GM12878细胞1号染色体的96,140,169-96,345,440这段DNA序列上H3K27ac的bed.为例，首先在Tools中找到TableBrowser点击进入进行设置和查找信息，选定文件格式，输出即可获得对应文件。

结果示例：

其实，除了调控信息，UCSC中还有表达、变异等等关于基因组的很多信息，感兴趣的小伙伴赶紧来自己动手尝试一下吧~