singleR的7个数据库文件下载失败的解决方案
singleR是目前单细胞转录组领域算是比较出众的自动化细胞类型注释系统，所以我分享的两个祖传代码里面都加上了它，成为标准流程：
singleR自带7个数据库文件，需要联网才能下载，其中5个是人类数据，2个是小鼠的数据：
- BlueprintEncodeData Labels
- HumanPrimaryCellAtlasData Labels
- DatabaseImmuneCellExpressionData Labels
- NovershternHematopoieticData Labels
- MonacoImmuneData Labels
- ImmGenData Labels
- MouseRNAseqData Labels
联网下载不同数据库文件的代码是：
library(SingleR)
cg=BlueprintEncodeData()
cg=DatabaseImmuneCellExpressionData()
cg=NovershternHematopoieticData()
cg=MonacoImmuneData()
cg=ImmGenData()
cg=MouseRNAseqData()
cg=HumanPrimaryCellAtlasData()就会有一个问题，中国大陆地区的部分网络其实是没办法联通singleR数据库中心，所以文件是下载失败的。收到很多粉丝求助，所以我就简单检查了一下singleR的下载数据库文件联网机制：
singleR的下载数据库文件联网机制
查看snapshotDate()函数，发现它属于AnnotationHub 包，再次查看相关函数，发现了它存放数据库文件的地址， 如下：
AnnotationHub 包文件地址
可以看到，其函数下载的数据库文件，都在这里，其实找一下8月30号的文件即可，但是我嫌弃它麻烦，就全部打包啦。上传到百度云：
链接：https://pan.baidu.com/s/1y4uJOmOjLe-vrNfw0fSi1w
提取码：tree如果是Windows用户的话，解压后，放在指定路径的文件夹即可
C:\Users\win10\AppData\Local\ExperimentHub\ExperimentHub
# 其中 win10 需要替换成为你自己的用户名哦然后你再次运行：
library(SingleR)
hpca.se <- HumanPrimaryCellAtlasData()
hpca.se就会发现你已经跨越了网路障碍，可以使用singleR的各个数据库文件啦。
后来在群里大家交流的时候，发现一个更好大家解决方案，来自于我们一直强推的《生信会客厅》。他上传的就是我前面的数据库文件，所以也就无需找到文件夹去替换文件。
你使用他的百度云，可以拿到后缀名是RData的文件，使用方法如下：
refdata <- get(load("ref_Monaco_114s.RData"))
sce_for_SingleR <- GetAssayData(sce, slot="data")
clusters <- sce@meta.data$seurat_clusters
pred.hesc <- SingleR(test = sce_for_SingleR, ref = refdata,
labels = refdata$label.fine,
#因为样本主要为免疫细胞（而不是全部细胞），因此设置为label.fine
method = "cluster", clusters = clusters,
#这里我们为上一步分的9个cluster注释celltype
assay.type.test = "logcounts", assay.type.ref = "logcounts")
table(pred.hesc$labels)云盘链接是：
链接：https://pan.baidu.com/s/13EjK-66tZKRsSl9G80S7uw
提取码：8mfb文件如下：
《生信会客厅》的文件夹打包
往期回顾
本文参与 腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。
原始发表：2020-09-03，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除
评论
登录后参与评论
推荐阅读
相关产品与服务
数据库
云数据库为企业提供了完善的关系型数据库、非关系型数据库、分析型数据库和数据库生态工具。您可以通过产品选择和组合搭建，轻松实现高可靠、高可用性、高性能等数据库需求。云数据库服务也可大幅减少您的运维工作量，更专注于业务发展，让企业一站式享受数据上云及分布式架构的技术红利！