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【分析篇】荧光共定位的散点图解析!

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Mark Chen
发布2020-09-04 11:33:49
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发布2020-09-04 11:33:49
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文章被收录于专栏:聊点学术

聊点学术

上期推文中,我强调了荧光共定位定量分析的三大要点。→【操作篇】荧光共定位的定量分析!

① 散点图

② 皮尔逊相关系数

③ 重叠系数(也称为共定位系数)

皮尔逊相关系数和重叠系数其实是Image Pro Plus根据散点图进行回归分析计算得到的。

因此,解读散点图成为重中之重,也是发表论文时必须报告出来的。


▼ 1.为什么要分析散点图?

其实最开始定量分析共定位是采用划线法。

IPP把人为划定的线条上的红色通道、绿色通道强度值转换为波形图(如下)。

很快,大家注意到这条人为划定的线不靠谱,线段的位置和长短不同,右侧的波形肯定也会变化。这种局部测量波形图给造假者留下了空间。

于是,散点图出现了。

将整张图中所有荧光点纳入,分离为红色通道和绿色通道,然后根据两个通道的强度(也就是灰度)生成散点图,并计算相关系数。

这样就造不了假,只要图片不变,散点分布是无法被人为操纵

▼ 2. 散点图有哪些信息?

(2.1)如果蛋白A(红色通道)和蛋白B(绿色通道)存在一定的共定位关系,那么散点图中的散点分布会呈现3种形态

● 形态1:

总体呈棒槌状,基本线性分布,靠近Y轴(绿色通道)。

说明:蛋白A和蛋白B存在一定的共定位关系,但蛋白A荧光强度高于蛋白B。

● 形态2:

总体呈直棒形状,线性分布,对角分布。

说明:蛋白A和蛋白B存在很强的共定位关系,且蛋白A荧光强度与蛋白B基本相当。

● 形态3:

总体呈棒槌状,基本线性分布,靠近X轴(红色通道)。

说明:蛋白A和蛋白B存在一定的共定位关系,但蛋白B荧光强度高于蛋白A。

(2.2)如果蛋白A(红色通道)和蛋白B(绿色通道)的共定位关系很弱,那么散点图中的散点分布会呈现以下内凹形态,这。

(2.3)散点图中4代表的是共定位荧光图像中的背景荧光,该区域内散点越多,说明背景荧光越强,散点图中会呈现以下形态。

下期预告:单通道荧光的散点图获取

往期推荐阅读:

各种细胞器典型标记物。

什么是荧光原位杂交(FISH)?

如何降低荧光实验的自发荧光?

Co-IP免疫共沉淀

【长文】—染色质免疫共沉淀(ChIP)原理及注意事项

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原始发表:2020-09-03,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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