回答：计算系统发育多样性时排除物种数影响

（观测到的PD-随机打乱后得到的PD）/打乱后PD 的sd

这种算法可以排除物种数量的影响

多亏了美丽可爱温柔善良的小师妹帮忙问了一下，终于知道原因了。

以MNTD（mean-nearest-taxon-distance）和NTI（nearest-taxon-index）为例，其他系统发育多样性指数类似：

MNTDobs是观测到的MNTD，MNTDnull是随机打乱进化树之后得到的MNTD值，这个过程重复多次（~999次），可得到MNTDnull的分布。可近似转化为均值为0，标准差为1的标准正态分布。而这个分布其实是所有物种施加影响结果的集合。

MNTDobs和MNTDnull的差异越大，表明生态位过程(如环境选择)起的影响越大。

为了使结果更精确，不妨设定区间值为（-1.96，1.96），在此范围内曲线下的面积等于0.95，几乎包含了整个分布的面积（误差0.05）。1.96 ≈ 2，因此一般取（-2, 2）为范围。

NTI在（-2, 2）内，随机性占主导，否则确定性占主导。当然这样还可能会犯错，犯错的概率为0.05。这个方法也顺便把物种的影响排除了。

Reference

Stegen, J.C.; Lin, X.; Konopka, A.E.;Fredrickson, J.K. Stochastic and deterministic assembly processes in subsurface microbial communities. ISME J 2012;6:1653-1664