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从pdb文件中提取蛋白质序列

方法(1)使用pymol的方法 pymol的下载安装使用方法在教程已经叙述过了

  • 提取该蛋白质结构的所有序列 save 1ywt.fasta
  • 仅提取该蛋白质结构的特定chain的序列 save 1ywt.fasta, chain A

方法(2)使用网页在线数据库的方法

https://swift.cmbi.umcn.nl/servers/html/soupir.html

简单两步,就可以得到如下的结果

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