备忘：Pymol补全蛋白质氨基酸

1ywt.pdb在该晶体结构中缺失的氨基酸残基情况为A链缺失了71-78部分。为了通过Pymol来补全，需要有一个相同蛋白的晶体结构没有缺失该部分，如这里就要找到一个相同蛋白的晶体结构，其中的71-78部分并没有缺失。这里发现3LW1晶体结构只缺失了138这一个氨基酸残基，所以可以选择它为补全模版。使用Pymol软件打开需要补全的pdb文件，如这里的1ywt.pdb，然后使用文件—打开，打开模版结构3LW1。

• 第一步，删除1ywt无关的序列 保留A链，删除水分子和B链 选中sele (select)，点击A (action)，然后选择remove atoms

• 第二步，打开3LW1 当在同一个窗口打开了两个pdb文件之后可以看到当前视野里面只显示了一个结构，这个是因为两个结构在坐标上的差异，而Pymol软件默认是以最新打开的分子结构为中心。
• 第三步，align

为了能够调整两个结构到同一个坐标体系，这个时候就需要使用Pymol软件中的align命令了，也可以使用鼠标来实现。选中需要被align的结构，在A选项的下拉选项卡中选择align，并依次选择“align—to molecule—1ywtA”。这样就成功的将模板坐标和需要补全的分子结构调整到了同一个坐标体系。

• 第四步，center 发现align页面在屏幕一角，将align放到屏幕中间

补全蛋白的A下拉菜单的center将整个视野调整到补全分子结构上来。

• 第五步，保存pdb格式 1、命令行方式

save 111align.pdb 2、鼠标 File -> exprot molecular -> save 选择pdb格式

• 第六步，复制缺失结构粘贴到1ywt.pdb上

将文件111align.pdb中的71-78部分的残基信息复制到文件1ywt.pdb相应的位置上去，并另存为1ywt_new.pdb即可。这样1ywt_new.pdb文件中就是完整蛋白的结构了。