比较bigwig文件的相似程度

生信编程日常

发布于 2020-09-08 17:21:48

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bigwigCompare是Deeptools组件中的一个，可以（通过比对上的reads）比较两个bigWig文件的差别。

必须参数有--bigwig1，--bigwig2和--outFileName/-o，即两个bigwig文件和输出文件名。eg.

bigwigCompare --bigwig1 forebrain_1_fwd.bw --bigwig2 forebrain_1_rev.bw -o test

如果我们只想比较一部分区域的相似度可以用--region：

bigwigCompare --bigwig1 forebrain_1_fwd.bw --bigwig2 forebrain_1_rev.bw --region chr10:456700:891000

--outFileFormat 指定输出文件的格式，有两种可选：“bigwig” 和 “bedgraph”。默认是前者。

bigwigCompare --bigwig1 forebrain_1_fwd.bw --bigwig2 forebrain_1_rev.bw --region chr10:456700:891000 -o test --outFileFormat bedgraph

--blackListFileName BED或者GTF文件，使我们想要排除的区域。

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