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相信我!无缝拼接组织图片技术大有用处。

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为什么今天要提到这项技术呢?

在开展动物实验时,不可避免地要拍摄完整器官切片的图像,这也逐渐成为很多SCI期刊的要求。(如下图所示)

局部图像几乎都存在“人为选择”偏倚,甚至无法反映出真实情况,这种“管中窥豹”式的结果显然说服力不强。

然而,在具体执行时,全数字切片扫描仪器仅仅只能帮助我们获取小动物(小鼠/大鼠)明场下的全器官图像,获取荧光场下的全器官图像很难。

此外,受限于玻片尺寸和物镜视野的显示,大动物(兔、比格犬、食蟹猴等)的全器官图像很难获取。

今天的推文就是为了以上问题。


图文教程

1. 搞科研都知道Image J可以用来分析蛋白条带或IHC平均光密度。你肯定想不到,它还可以用来无缝拼接图像

一定要下载FiJi版本,接下来要用到其中的插件Stitching,否则无法进行后续操作。(开源软件下载地址:https://imagej.net/Fiji)

2. 为避免软件与系统冲突 或出现闪退,软件尽量安装在C盘的非program file (x86)的非中文文件夹内。

3. 大尺寸的器官在4X物镜下拍摄多张照片,保证部分区域有重合,这样可以提高拼接精准度。例如想要获取荧光染色后全肾图像,可以在4X物镜下拍摄2张有重合的图片。(现实中,两次拍摄的图片绝对不存在无重合区的两张图,这是最常见的情况)

4. 用Image J 打开拍摄好的两张图。

5. 选中其中一张图,按照如下选择,将RGB彩图分解为R、G、B三种通道图像。

6. 同理,将另外一张彩图也进行分解。

7. 然后点击Plugins,选择Stitching,选择Pairwise stitching。

8. 在弹窗中,分别按照对应的通道选择需要拼接的图像,比如红-红绿-绿蓝-蓝。然后按照如下设置。

9. 稍等片刻,然后就能得到红色通道的无缝拼接图像。

10. 用同样的操作依次获取绿色通道和蓝色通道的缝拼接图像。

11. 点击image,选择color,选择merge channels。将拼接好的红-红绿-绿蓝-蓝单通道图像merge成为RGB彩图,如下设置后点击OK。

12. 获得无缝拼接后的RGB彩图。可点击file ,save as保存为所需格式图像。

13. 最终效果如下。完美的无缝拼接效果!

看到最后的都是真爱!

本文分享自微信公众号 - 聊点学术(SingForScience),作者:Mark

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2020-09-11

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