SRA toolkit下载数据

生信编程日常

发布于 2020-09-16 09:28:29

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1.sra toolkit 的安装

wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.8/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz
tar -zxvf sratoolkit.2.10.8-ubuntu64.tar.gz
#添加环境变量
 echo 'export export PATH=$PATH:/yourpath/sratoolkit.2.10.8-ubuntu64/bin' >> ~/.bashrc

2.查看prefetch是否成功安装

prefetch -h

3.数据下载

#单个数据
prefetch SRR000001

#多个数据：Run in the list of Runs:

prefetch --option-file SraAccList.txt

SraAccList.txt looks like this: SRR11192680 SRR11192681 SRR11192682 SRR11192683 SRR11192684

4.SRA format to fastq

fasterq-dump --split-files SRR11180057.sra
fasterq-dump --split-files SRR11180057

#直接下载原始的fastq
prefetch --type fastq SRR11180057

参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/docs/sradownload/

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