发表在nature protocol上的相互作用数据库是什么样子的(一)

写在前面

对于相互作用分析，之前我们介绍过BioGRID以及STRING数据库。这两个数据库主要还是用来分析基因与基因之间的相互作用。我们知道相互作用分析，除了基因和基因之间的相互作用其实还存在比如：基因调控的相互作用、药物和靶标的相互作用等等。所以今天就介绍一个综合性的相互作用查询数据库：ConsensusPathDB(http://cpdb.molgen.mpg.de/)

这个数据库主要可以做：蛋白质-蛋白质，遗传，代谢，信号传导，基因调控和药物-靶标相互作用以及生化途径这七个方面的分析。为了说明这个数据库的全面性，坐着也比较了其他很多相互作用的数据库。最终当然是发现自己的数据库做的最全面

另外，为了说明这个数据库多么的好，作者还专门写了一篇数据库使用教程的文章，发表在nature protocol上。

在这个文章当中，提到了数据库的几种使用方法。这里我们基于文章的实例来说明一下数据库如何使用。

1. 确定单个生物分子的相互作用靶点

1.1 单个目标分子输入

相互作用分析的数据库，其中最基本的功能就是提供某一个单个生物分子的检索功能。因此在这个数据库也是可以进行单一检索的。相较于其他基因相互作用数据库只能输入基因名这类的。这个数据库还可以输入一些关键文本：比如表皮生长因子(epidermal growth factor receptor)或者细胞周期(cell cycle)等等。同样的，也是支持输入基因名了。

另外在输入的时候，如果是在一列上输入则是AND的关系。如果是不同的列则是OR的关系。例如我们在第一列输入ATP，第二列输入TP53则是想要检测检索ATP或者TP53相关的结果。

由于支持文本，所以我们这里输入EGFR

1.2 筛选想要进一步分析的结果

在输入之后，数据库会返回所有包括这个文本或者基因的结果。我们需要筛选来筛选哪个数据是我们想要的。

如果我们想要都进行分析可以选择ALL即可。选择好之后，点击Show interactions。

1.3 查看具体结果

在点击之后，即可获得所有的相互作用的结果。结果首先是通过表格的形式呈现的，在表格当中，我们可以看到具体的作用方式。同时如果是相互作用预测的话，预测的可信度。

进一步的，在经过筛选时候，我们可以通过网络的形式来展示相互作用关系的结果。

2.1 确定两个基因之间的相关作用关系

以上的检索是我们在知道其中的一个方面的时候进行的检索，如果我们想要知道两个分子之间是否有相互作用关系。那这个数据库可以用来寻找最短的相互作用途径。例如我们想要查看TP53和EGFR是否有相互作用关系。那就可以在不同的路径的开头输入: TP53。在路径的结尾输入: EGFR。

选择好之后，由于不同的输入有不同的ID，因此我们需要来确定哪个ID是我们想要的。

在选择好之后，就可以获得从TP53-EGFR最短的相互作用途径是什么了。

以上是关于这个数据库基本的相互作用检索的功能。限于篇幅的问题。我们来介绍这个数据库的其他使用方式。