【标志物专栏】老实用了！这个数据库可快速查询各种细胞标记Maker

聊点学术

今天插队介绍个数据库，写一写细胞标记物。有了这个数据库的帮助，大家能够很轻松地查询不同类型的细胞maker，便于在组织水平上研究细胞之间的空间或功能关系。做IHC或多重荧光标记实验自然不在话下。

它就是大名鼎鼎的CellMaker数据库。

网址：

http://biocc.hrbmu.edu.cn/CellMarker/index.jsp

1. CellMaker数据库有哪些内容？可信度如何？

绝对不是一般的野鸡数据库。

此数据库首次公开发表于2019年，【CellMarker: a manually curated resource of cell markers in human and mouse. Nucleic Acids Research. 2018. 】

这年龄在数据库之中算是小鲜肉了。数据库创建者们采用人工收集的方法，检索了超过十万篇已发表论文，记录了4124个条目（包括细胞标志物信息，组织类型，细胞类型，癌症信息和来源）。

最终整理出158种human组织/亚组织中467种细胞类型的13605种细胞标志物，以及81种mouse组织/亚组织中389种细胞类型的9148种细胞标志物，

2. 这么多组织或细胞数据，查询会不会很复杂？

不会！

这个数据库很方便查询。数据库首先按照human或mouse分类，进一步按照组织类型分类。只需要选择种属，点击图中相应组织即可，很人性化。如果你觉得不够用，可以点击右侧的提示框进行选择，里面内容更丰富。

3. 怎样查询呢？

比如，我想知道人类心肌细胞的标记蛋白有哪些？

首先选择human，然后点击图中心脏-心肌细胞。

页面会跳转到下图所示的词云，词云中的字越大代表该蛋白作为maker的研究越多，证据权重越高。可见human心肌细胞maker是α-肌动蛋白，其次还有肌球蛋白。（点击右侧的Excel可以导出这些maker）。

值得注意的是，其它蛋白也是可用的（均公开发表过），只是它在论文中出现的频次较少。

词云的下方还会列出结果出处到底来自哪里？是实验还是综述或单细胞测序。

点击more detail可跳转至详细页面或NCBI论文原文，便于大家进一步了解。

PS：

假如词云中的有些蛋白简称，我们不了解它到底是什么？可以去GeneCards或者NCBI Gene中进一步查询。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene

https://www.genecards.org/

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