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在jupyter里面运行conda虚拟环境的R

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生信编程日常
发布2020-10-10 10:41:04
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发布2020-10-10 10:41:04
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文章被收录于专栏:生物信息学、python、R、linux

在想要运行的某个conda环境下特定的R版本

首先,安装jupyter

代码语言:javascript
复制
conda install jupyter

打开这个环境下的R,并安装IRkernel

代码语言:javascript
复制
install.packages('IRkernel')

然后在R的命令行里激活

代码语言:javascript
复制
IRkernel::installspec()

打开jupyter,此时出现了R的选项,就可以用这个环境下的R了。

还可以通过jupyter代码框中运行.libPaths()查看是否是想要的R环境。

代码语言:javascript
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.libPaths()

Jupyter 还可以让你在同一个代码框,同时写python代码和R代码的方法——rpy2详情参考:在python中使用R—rpy2包学习

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