在jupyter里面运行conda虚拟环境的R

生信编程日常

发布于 2020-10-10 10:41:04

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发布于 2020-10-10 10:41:04

在想要运行的某个conda环境下特定的R版本

首先，安装jupyter

conda install jupyter

打开这个环境下的R,并安装IRkernel

install.packages('IRkernel')

然后在R的命令行里激活

IRkernel::installspec()

打开jupyter，此时出现了R的选项，就可以用这个环境下的R了。

还可以通过jupyter代码框中运行.libPaths()查看是否是想要的R环境。

.libPaths()

Jupyter 还可以让你在同一个代码框，同时写python代码和R代码的方法——rpy2详情参考：在python中使用R—rpy2包学习

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