TISCH || 肿瘤免疫单细胞中心

分享是一种态度

作者 | 周运来

男，

一个长大了才会遇到的帅哥，

稳健，潇洒，大方，靠谱。

一段生信缘，一棵技能树，

一枚大型测序工厂的螺丝钉，

一个随机森林中提灯觅食的津门旅客。

肿瘤免疫单细胞中心(TISCH)是一个专注于肿瘤微环境(TME)的scRNA-seq数据库。TISCH在单细胞水平提供了详细的细胞类型注释，使不同癌症类型的TME得以探索。

• http://tisch.comp-genomics.org/home/

数据库主要有:

• Home(http://tisch.comp-genomics.org/home)
• Dataset(http://tisch.comp-genomics.org/gallery)
• Gene(http://tisch.comp-genomics.org/search-gene)
• Documentation(http://tisch.comp-genomics.org/documentation)
• Statistics(http://tisch.comp-genomics.org/statistics)

在Dataset 中我们可以搜索感兴趣的数据集：

在 gene 中我们可以检索：

并给出热图和小提琴图：

在Documentation中，有设计的思路。

和细胞类型的层级：

所以研究肿瘤的老师可以参考啦。

往期回顾

scRNA-seq Clustering quality control（二）

CNS图表复现09—上皮细胞可以区分为恶性与否

单细胞初级8讲和高级分析8讲