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linux|无需解压查看压缩文件内容

在linux系统下,我们如果要查看一个压缩文件里面的内容,一般我们会先解压这个文件,然后再通过cat,less,more或者head等命令来查看。当然在压缩文件很小的情况下是没有任何问题的,但是一旦压缩文件本身已经很大了,再去解压就会很耗时。今天小编给大家介绍一个linux下面的命令,在无需解压的情况下查看压缩文件的内容。

zcat是一个命令行实用程序,用于查看压缩文件的内容,而无需对其进行解压缩。 它将压缩文件扩展为标准输出,使您可以查看其内容。 另外,zcat与运行gunzip -c命令完全相同。 zcat有如下参数

-S:指定gzip格式的压缩包的后缀。当后缀不是标准压缩包后缀时使用此选项;
-c:将文件内容写到标注输出;
-d:执行解压缩操作;
-l:显示压缩包中文件的列表;
-L:显示软件许可信息;
-q:禁用警告信息;
-r:在目录上执行递归操作;
-t:测试压缩文件的完整性;
-V:显示指令的版本信息;
-l:更快的压缩速度;
-9:更高的压缩比。

下面给大家举两个例子

如果我们直接用cat来查看一个压缩文件,你会看到一串乱码

如果用zcat就能顺利的看到压缩文件中的内容

这条命令在查看测序的fastq.gz文件的时候特别实用,因为一般的测序数据都几十G上百G,你等解压缩好了再去看,既耗时又费劲。如果你只是想看下每条read的长度,或者查看一下index序列,统计一下reads条数等等,这种简单的任务,直接用zcat就可以了。

本文分享自微信公众号 - 生信交流平台(gh_d04ce007f7b8),作者:生信交流平台

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原始发表时间:2020-10-05

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