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利用Python将gff3转换成gtf格式

前面我们讲了如何利用工具gffread将gff文件转换成gtf文件。可能有些读者会说我没有安装了linux或者苹果操作系统的电脑。没关系,今天小编再给大家介绍一个python下的工具包,可以实现相同的功能。这个工具包对操作系统没有要求,也就是说在windows,linux或者苹果操作系统下面都能用。

下面我们来看看具体的操作

1. 安装bioinfokit工具包,我们使用bioinfokit v0.9.8或者更高的版本。这里提供三种方法来安装bioinfokit工具包

pip install bioinfokit

2.下载测试用的gff3格式的注释文件

https://reneshbedre.github.io//assets/posts/gffgtf/Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3

3.运行python代码转换格式,其实也就一条命令就能搞定

Python 3.7.0 (default, Jun 28 2018, 08:04:48) [MSC v.1912 64 bit (AMD64)] :: Anaconda, Inc. on win32

Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.

>>> from bioinfokit.analys import gff

>>> gff.gff_to_gtf(file="Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gff3")

转换完成之后你就会得到Athaliana_167_TAIR10.gene_chr1.gtf文件。

本文分享自微信公众号 - 生信交流平台(gh_d04ce007f7b8),作者:生信交流平台

原文出处及转载信息见文内详细说明,如有侵权,请联系 yunjia_community@tencent.com 删除。

原始发表时间:2020-10-08

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