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PBMC or 全血,应该选哪个?

究竟用全血还是PBMC做研究,实际上取决于你的研究目的是什么。如果检测红细胞或者血小板,当然要用全血。如果检测的是粒细胞,就直接裂解红细胞就可以。如果检测的是淋巴细胞或者单核细胞就要用PBMC。

那么为什么要裂解红细胞或者用PBMC呢?因为全血中红细胞和血小板加起来要占99%以上,这些细胞的存在对于抗体标记和流式分析都会产生很大的影响,很可能因此得到错误的结果。如果你检测的是淋巴细胞或者单核细胞,直接用全血测,得到结果一般是不被认可的,无法在文章上发表这类数据。那么什么是PBMC呢?

PBMC指外周血单个核细胞(Peripheral blood mononuclear cell,PBMC),是外周血中具有单个核的细胞,包括淋巴细胞和单核细胞。注意这里是 mononuclear cell 单个核细胞,而不是 Monocyte 单核细胞。

单细胞研究中,我们也经常使用PBMC样本,第一步就是要裂解红细胞。怎么样判断红细胞有没有裂解完全呢?一般我们会检查每个细胞中血红蛋白的含量,来判断是否为红细胞。在哺乳动如中,一般血红蛋白会占到整个红细胞干重的96%。常见的血红蛋白基因包括下表中的10个基因,分别是"HBA1","HBA2","HBB","HBD","HBE1","HBG1","HBG2","HBM","HBQ1"和"HBZ"。

https://www.genenames.org/data/genegroup/#!/group/940

那么知道了这10个血红蛋白的基因名字之后,我们怎么通过单细胞测序的数据来评价红细胞有没有完全裂解呢?

library(Seurat)
#定义血红蛋白基因列表
HB.genes <- c("HBA1","HBA2","HBB","HBD","HBE1","HBG1","HBG2","HBM","HBQ1","HBZ")
#scRNA为Seurat对象,计算每个细胞中血红蛋白的含量
scRNA[["percent.HB"]] <- PercentageFeatureSet(scRNA, features = HB.genes)

#画出血红蛋白基因在每个细胞中的含量
VlnPlot(scRNA, features = c("nFeature_RNA", "nCount_RNA", "percent.HB", "percent.MT"), ncol = 4)

会得到下面这张图,每一个点代表一个细胞。从图中可以看出绝大多数细胞中血红蛋白的含量都小于0.5%,甚至为0。证明红细胞裂解的比较完全。

本文分享自微信公众号 - 生信交流平台(gh_d04ce007f7b8),作者:生信交流平台

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原始发表时间:2020-10-13

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