有学徒表示虽然看了我在B站免费分享的视频课程《甲基化芯片(450K或者850K)数据处理 》,详见:免费视频课程《甲基化芯片数据分析》,但是课程过于强调实操,很多背景知识大家比较缺乏,所以学徒自告奋勇补充了一些甲基化基础知识,供大家学习!
下面是哈医大学徒整理
复制相关的去甲基化:
在复制过程中维持甲基化酶活性被关闭或维持甲基化酶活性被抵制。
0QY7Md.png
甲基化芯⽚主要是450K和850K,都是采⽤了两种探针Infinium Ⅰ 和Infinium Ⅱ对甲基化 进⾏测定;
这也导致了它们在后续荧光探测的不同,450K采⽤了两种荧光探测信号(红光和绿光)。
编码区域与增强子区域范围广泛覆盖的唯一组合
每份样本分析超过850,000个甲基化位点,可达单核苷酸分辨率
● 实验分析方法可重现性高
技术平行重复性>98%
● 简单的工作流程
PCR-free(无需聚合酶链式反应)的操作,结合强大的Infinium HD Assay实验分析方法
● 与福尔马林固定、石蜡包埋样本兼容
可提供适用于福尔马林固定、石蜡包埋样本的甲基化研究实验方案
Infinium MethylationEPIC BeadChip芯片基于业界领先的Infinium HumanMethylation450 BeadChip芯片的基础上开发,包含原有90%以上的CpG,外加新增的350,000个位于增强子区域的CpG。该实验分析方法能够在单个CpG位点的水平上提供定量甲基化测量,可适用于正常及福尔马林固定、石蜡包埋(FFPE)样本,为深入了解表观遗传变化提供了强大的检测分辨率。
表达谱芯片 | 甲基化芯片 |
---|---|
.cel | .idat |
基因表达矩阵 | 甲基化信号矩阵 |
library(GEOquery)
getGEOSuppFiles("GSE68777") #或者自己上官网下载
untar("GSE68777/GSE68777_RAW.tar", exdir = "GSE68777/idat") # minfi ⽆法读取压缩的idat⽂件,所以需要解压
head(list.files("GSE68777/idat", pattern = "idat"))
idatFiles <- list.files("GSE68777/idat", pattern = "idat.gz$", full = TRUE)
rgSet <- read.metharray.exp("GSE68777/idat")
rgSet
save(rgSet,file = 'GSE68777_minfi_rgSet.Rdata')
require(GEOquery)
require(Biobase)
GSE80559 <- getGEO("GSE80559")
beta.m <- exprs(GSE80559[[1]])
专有名词 | 概念 |
---|---|
beta | One single beta matrix to do filtering. (default = myImport$beta). |
M | One single M matrix to do filtering. (default = NULL). |
pd | pd file related to this beta matrix, suggest provided, because maybe filtering would be on pd file. (default = myImport$pd) |
intensity | intensity matrix. (default = NULL). |
Meth | Methylated matrix. (default = NULL). |
UnMeth | UnMethylated matrix. (default = NULL). |
detP | Detected P value matrix for corresponding beta matrix, it MUST be 100% corresponding, which can be ignored if you don't have.(default = NULL) |
beadcount | Beadcount information for Green and Red Channal, need for filterBeads.(default = NULL) |