文献笔记七十一：REDO根据vcf文件检测植物细胞器基因组RNA编辑位点

REDO: RNA editing detection in plant organelles based on variant calling results

期刊

Journal of computational biology

2018

四区， 影响因子1点多

完成单位

Chinese Academy of sciences

Beijing Institute of Genomics

主要功能

利用转录组数据比对到细胞器参考基因组得到vcf文件，比对工具使用GSNAP或者BWA，检测变异使用GATK或者SAMtools.

然后REDO这个软件 利用得到的vcf文件检测可能的RNA编辑位点。要求的输入文件是 参考序列fasta格式，注释文件 tbl格式，vcf格式的变异文件，还需要指定输出文件的后缀名，然后就是很多过滤参数，有默认设置，也可以自己指定。但这些参数的意思我还得在仔细看看。

软件是perl脚本，论文中写道 鉴定 注释和统计RNA编辑位点使用perl，画图调用的是R语言。

软件的下载链接

https://sourceforge.net/projects/redo/

直接解压出来就可以使用

使用的时候可能会遇到报错

Can't locate Text/NSP/Measures/2D/Fisher/left.pm in @INC (you may need to install the Text::NSP::Measures::2D::Fisher::left module) (@INC contains: /etc/perl /usr/local/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.26.1 /usr/local/share/perl/5.26.1 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl5/5.26 /usr/share/perl5 /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl/5.26 /usr/share/perl/5.26 /usr/local/lib/site_perl /usr/lib/x86_64-linux-gnu/perl-base) at REDO.pl line 11.
BEGIN failed--compilation aborted at REDO.pl line 11.

是因为缺少模块 Text::NSP::Measures::2D::Fisher::left

直接使用命令

cpan install Text::NSP::Measures::2D::Fisher::left

安装就可以了

解压出来的文件带了测试数据，试了一下

 perl REDO.pl -g example/cp/data/cp.fsa -v example/cp/data/SRR1063407_cp.vcf -t example/cp/data/cp.tbl -o AA

当前目录就会多出来7个文件，7个文件怎们看我还得再研究一下。文件里有个图

这个图应该怎么理解，也得花时间想一想

软件里还有一个readme.txt文件，还介绍了如何使用bwa+samtools得到vcf文件。可以参考。

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