叶绿体基因组重复序列分析工具~REPuter

叶绿体基因组的文章通常都会做重复序列分析，其中会使用在线工具REPuter 来分析forward reverse complement palindromic 四种重复序列。

工具对应的链接是 https://bibiserv.cebitec.uni-bielefeld.de/reputer?id=reputer_manual_manual

使用方法也很简单，直接上传fasta格式的序列，然后会有4个输入框需要填。分别是 重复片段的最大 最小长度。然后还有两个距离。这两个距离是什么意思，现在我也不太清楚，可能是度量重复序列之间相似度的指标吧。我看到有论文里写会设置海明距离的。

然而自己在使用的时候一直会遇到报错，

不知道是什么原因，自己猜测是因为序列太长，在线版运行运算能力不够，所以尝试下载单机版REPuter，但是一直没有找到下载方法，无意间发现了vmatch程序，其中有一个perl脚本repfind.pl可以做forward 和 palindromic重复分析，运行帮助命令可以查看具体参数，

使用之前需要将解压出来的程序添加到环境变量。

-f 和 -p 参数分别指定计算forward和palindromic重复，-h 海明距离3, -l 最小重复单位30bp

之前将以上的内容分享到了简书，今天有人留言说使用REPuter 做重复序列分析的时候 两个distance的输入框空着就可以了。自己试了一下，果然就没有报错了。感谢这位朋友的留言。

今天的内容没有凑够500字，还是写一些杂七杂八的凑个字数。前两天早上醒来就看见朋友圈分享一款安卓手机端浏览器，可以访问境外的一些应用，比如youtube.twittter等。还宣称已经通过了有关部门的审核。我自己试着在华为的应用商店也下载到了。脑子里的第一感觉是真的要放开网络了吗？自己也将相关内容分享到了朋友圈。结果下午这款浏览器就不可以用了。事情后续会如何呢？这款浏览器的开发者会受到怎样的处罚呢？