Science：超过一半顶刊中的癌症研究结果不能重复
对于肿瘤生物学的研究，后面的临床意义非常重大。不过，有时候虽然文章发表了，但是其文章的可重复性令人担忧。对于制药公司，需要重复这些结果时，就遇到了麻烦。
在 2013 年 10 月开始，实施了雄心勃勃的癌症生物领域重复实验，计划重复 50 篇高影响力的癌症生物学论文，总资金达到 130 万美元，每项研究的费用约为 25,000 美元， 实验预计需要 1 年。
但由于成本上涨及很难得到合适的材料，项目最终削减到 18 个，其中 13 个重复项目在 eLife 已经发表：6 个大部分是可重复的，4 个是不确定的，3 个研究是否定的，超过一半的研究论文的结果不能被重现。
怎么规避不能重复实验，主要有以下方面：研究文章需要披露更多的实验细节，从原来研究团队得到原始材料，原始研究需花更多时间排除假阳性结果等方面。
图片来源：Elife
该项目很快引起了原始研究作者和其他人的批评，他们担心重复研究将不可避免地失败，因为参与的实验室缺乏复制工作所需的专业知识。
随着组织者意识到他们需要来自原作者的更多信息和材料，成本上升和延迟随之而来。组织者在 2015 年底将论文列表减少到 37 个，然后到 2017 年 1 月减少到 29 个。在过去的几个月里，他们决定停止 11 个正在进行的重复实验，（科学交流中心主席 Elizabeth Iorns 表示，18 项已完成研究的总费用平均约为 60,000 美元，其中包括两个高价的 「异常值」。）
Errington 说「 削减一些重复实验的一个原因是，为了获得有意义的结果，需要花费很长时间才能进行故障排除或优化实验。」Errington 说，如果原始论文中包含方法细节，这项工作可能会更快。该项目还花费了大量时间来获得或重新制作试剂，例如细胞系和质粒（插入细胞中的 DNA）。
努力的教训之一：披露更多的实验细节，并直接从原始实验室或通过 Addgene 等服务免费提供材料，这将加快科学家在其他人工作的基础上的能力。「沟通和分享是我们可以努力改进的成果，」Errington 说。
Iorns 补充说，另一个问题是，发表文章实验室很少验证他们的分析，因此很难知道阳性结果是真实的还是 「只是噪音」。
该项目已经发布了 eLife 期刊 18 项研究中的 13 项的复制结果。结果是混合的：6 个大部分是可重复的，4 个是不确定的，3 个研究是否定的，但最初的发现已得到其他实验室的证实。事实上，最初的 50 篇论文中有许多已得到其他团体的证实。
下面是最近在 Elife 发表的 3 项重复结论：
1. The microRNA miR-34a inhibits prostate cancer stem cells and metastasis by directly repressing CD44
重复文章的杂志：Nature Medicine
重复发表之后发表的杂志：Elife
重复结论：3 个结论都不能重复
总结：完全不能重复
图片来源：Nature Medicine
图片来源：Elife
【1】结论 1 不能重复：与 CD44-LAPC4 细胞相比，从异种移植肿瘤（LAPC4 细胞）中纯化的 CD44 + 前列腺癌细胞中 microRNA miR-34a 的表达水平是其两倍，而最初的研究报道 miR-34a 在 CD44 + LAPC4 细胞中表达是降低的（图 1B; Liu 等，2011）；
【2】结论 2 不能重复：当将表达 miR-34a 的 LAPC4 细胞注射到小鼠体内时，研究人员没有观察到肿瘤生长或 CD44 表达的变化。然而，出乎意料的是 miR-34a 表达在体内丧失。在最初的研究中，与对照相比，表达 miR-34a 的 LAPC4 细胞具有统计学上显著的肿瘤再生减少和 CD44 表达降低（图 4A 和补充图 4A，B 和 5C; Liu 等，2011）；
【3】结论 3 不能重复：测试 miR-34a 是否通过 3'UTR 中的结合位点调节 CD44 时，结果显示没有统计学上显著的差异，而最初的研究报道 miR-34a 降低 CD44 表达，其通过突变结合位点而部分消除。
参考链接：
https://www.nature.com/articles/nm.2284；
https://elifesciences.org/articles/43511
2. Melanoma exosomes educate bone marrow progenitor cells toward a pro-metastatic phenotype through MET
重复文章的杂志：Nature Medicine
重复发表之后发表的杂志：Elife
重复结论：2 个结论不能完全重复
总结：不确定
图片来源：Nature Medicine
图片来源：Elife
【1】结论 1 能重复：研究人员使用与原始研究相同的高转移性小鼠黑色素瘤细胞系（B16-F10），再生稳定表达短发夹的肿瘤细胞以降低 Met 表达（shMet），其有效地下调 B16F10 细胞中的 Met，类似于原始研究【（补充图） 5A; Peinado 等，2012）】。
【2】结论 2 能重复：研究人员测试了外泌体依赖性 Met 信号传导对原发性肿瘤生长和转移的影响，与原始研究中的结果相似，研究人员未发现原发肿瘤生长的统计学显著变化；
【3】结论 3 部分重复：测量肺和股骨转移，研究人员发现对照细胞的外泌体转移负荷略有增加，当 Met 表达减少时，外显子减少；然而，虽然效果与原始研究的方向相同（图 4E; Peinado 等，2012），但它们没有统计学意义。
参考链接：
https://www.nature.com/articles/nm.2753；
https://elifesciences.org/articles/39944；
3. Intestinal inflammation targets cancer-inducing activity of the microbiota
重复文章的杂志：Science
重复发表之后发表的杂志：Elife
重复结论：3 个结论都能重复
总结：结果能重复，但是程度不一样
图片来源：Science
图片来源：Elife
【1】结论 1 能重复：当从大肠杆菌 NC101 中删除聚酮化合物合酶（pks）基因毒性岛时，研究人员观察到对细菌生长或定植能力没有影响，类似于原始研究（补充图 7; Arthur 等，2012）。
【2】结论 2 能重复：对于比较与 NC101 或 NC101Δpks 单相关的氧化偶氮甲（AOM）处理的白细胞介素 - 10 缺陷小鼠的炎症，侵袭和瘤形成的实验，实验时间长于原始研究的实验时间。
【3】结论 3 能重复：在 AOM 治疗期间发生早期死亡，与 NC101 相比，在 NC101Δpps 单相关小鼠中观察到更高的死亡率，NC101 处于相同方向，但比原始研究更严重（Suppleme1ntal 图 10; Arthur 等人，2012）。与 NC101Δppks 单相关的小鼠死亡率高于 NC101。
虽然这些数据无法解决在原始研究的条件下 NC101 和 NC101Δpks 在炎症，侵袭和瘤形成方面的差异，但这种复制尝试表明，实验方法的清晰描述对于确保实验研究的准确复制是必不可少的。
参考链接：
https://www.nature.com/articles/nm.2753；
https://elifesciences.org/articles/39944；