在昨天LnCeVar数据库介绍当中,我们提到了两个基于实验方法查询 miRNA 功能的数据库,正好今天介绍的这个是基于实验收集的 lncRNA 功能的数据库,所以就合在一起介绍了。
TarBase
TarBase(http://www.microrna.gr/tarbase)目前已经更新到 V8 版本了。对于一个更新版本这么多的数据库,说明整个团队还是对于这个研究方向很有经验的。另外也说明基本上也能保证数据库的及时更新的。
对于这个数据库使用,还是很简单的我们只要数据自己想要查询的基因/miRNA即可。
需要注意的是,这里我们需要输入的是一个成熟体的miRNA,例如:hsa-miR-34a-5p。关于miRNA的命名,网上有很多介绍的。百度一下就知道了。
言归正传,如果我们输入 miRNA 以及 Genes 就代表我们想看没有没这两个相关的实验。如果只输入一种一个,就代表检索和这个 miRNA 所有相关的研究。这里我们输入:hsa-miR-34a-5p 以及 E2F3,则可以看到检索的结果。结果显示,这两个存在相互作用的关系。
我们点击其中一个的下拉简单就可以看到具体的结果信息了。首先看到的是每一个文献的具体实验方法、所用细胞系。再点击具体的下拉简单就可以看到具体的实验方法、实验结果信息。
具体的使用方法就是这些。另外我们可以下载这个数据库所有的结果,不过要下载的话,需要申请,这个有需要的可以试着去申请一下。
miRTarBase
miRTarBase(http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php)也是一个基于实验基础的 miRNA 绑定基因查询数据库。不同于?的那个数据库,这个数据库只能通过miRNA的输入来进行检索。同时,这个数据库还可以输入前体miRNA,例如:mir-122。
PS:前体和成熟体的区别在于一个是mir,一个是miR哈。
检索完之后,我们就能知道所有和mir-122相关的结果了,其中包括人类和老鼠的结果,同时也能看到miRNA的靶标以及做的是什么实验。
点击具体的ID之后,我们可以看到详细信息:
LncTarD
上面两个我们介绍的是 miRNA 相关的实验查询,下面这个则是和 lncRNA 有关的实验结果的查询。LncTarD(http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncTarD/)是一个基于实验基础的预测 lncRNA 靶标及其功能的数据库。这个数据库的使用,和?的那个一样,也是输入想要查询的 lncRNA 即可。这里我们搜索: HOXA11-AS。
通过检索,我们就可以看到得到和这个lncRNA相关的结果了,是以表格的形式呈现的。
我们点击某一个相互作用的Details,就可以看到更加详细的信息。主要包括:
不过呢。。。这个数据库使用的是两个基因原始的TPM数据来进行相关分析的。但是原始TPM的数据是偏态的(看下面的散点图就可以看出来),这样使用Person的话,其实是不适合的,所以结果还是不一定准确的,仅供参考吧。最好还是要么参考 GEPIA2 对数据进行转化成 log2(TPM+1)然后进行相关分析,要么看一下数据的Spearman分析的结果。
数据库总结
对于这类总结已经发表的文献的数据库,其实最重要的还是更新的速度,毕竟总结的都是既往发表的文献嘛。如果这样的数据库知识在发表的就更新一次,那过一些时间数据就太老了,也就没有很大的使用价值了,但是至少 miRTarBase 和 TarBase 一直在更新的,所以也还好。至于 LncTarD 由于是今年刚刚发表的,所以就算不更新,那两年之内应该也是可以使用的。
好了,今天就到这里。如果对你有帮助记得分享一下的哦!