基于实验的 ncRNA 靶点查询

在昨天LnCeVar数据库介绍当中，我们提到了两个基于实验方法查询 miRNA 功能的数据库，正好今天介绍的这个是基于实验收集的 lncRNA 功能的数据库，所以就合在一起介绍了。

TarBase

TarBase（http://www.microrna.gr/tarbase）目前已经更新到 V8 版本了。对于一个更新版本这么多的数据库，说明整个团队还是对于这个研究方向很有经验的。另外也说明基本上也能保证数据库的及时更新的。

对于这个数据库使用，还是很简单的我们只要数据自己想要查询的基因/miRNA即可。

需要注意的是，这里我们需要输入的是一个成熟体的miRNA，例如：hsa-miR-34a-5p。关于miRNA的命名，网上有很多介绍的。百度一下就知道了。

言归正传，如果我们输入 miRNA 以及 Genes 就代表我们想看没有没这两个相关的实验。如果只输入一种一个，就代表检索和这个 miRNA 所有相关的研究。这里我们输入：hsa-miR-34a-5p 以及 E2F3，则可以看到检索的结果。结果显示，这两个存在相互作用的关系。

我们点击其中一个的下拉简单就可以看到具体的结果信息了。首先看到的是每一个文献的具体实验方法、所用细胞系。再点击具体的下拉简单就可以看到具体的实验方法、实验结果信息。

具体的使用方法就是这些。另外我们可以下载这个数据库所有的结果，不过要下载的话，需要申请，这个有需要的可以试着去申请一下。

miRTarBase

miRTarBase（http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php）也是一个基于实验基础的 miRNA 绑定基因查询数据库。不同于?的那个数据库，这个数据库只能通过miRNA的输入来进行检索。同时，这个数据库还可以输入前体miRNA，例如：mir-122。

PS：前体和成熟体的区别在于一个是mir，一个是miR哈。

检索完之后，我们就能知道所有和mir-122相关的结果了，其中包括人类和老鼠的结果，同时也能看到miRNA的靶标以及做的是什么实验。

点击具体的ID之后，我们可以看到详细信息：

1. miRNA相关的信息，包括前体和成熟体的信息。

1. 目标基因的信息以及预测到的结合位点。

1. 相关文献的证据。

1. 在多个数据集里面表达的miRNA和mRNA表达的相关性，其中包括GEO和TCGA。

1. miRNA相关的网络图

LncTarD

上面两个我们介绍的是 miRNA 相关的实验查询，下面这个则是和 lncRNA 有关的实验结果的查询。LncTarD（http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/LncTarD/）是一个基于实验基础的预测 lncRNA 靶标及其功能的数据库。这个数据库的使用，和?的那个一样，也是输入想要查询的 lncRNA 即可。这里我们搜索: HOXA11-AS。

通过检索，我们就可以看到得到和这个lncRNA相关的结果了，是以表格的形式呈现的。

我们点击某一个相互作用的Details，就可以看到更加详细的信息。主要包括：

1. 详细的证据描述

1. 现在的一些数据库吧，如果不放点儿TCGA的分析，可能觉得跟不上趟，所以就肯定有了和这个 lncRNA 和目标基因在 TCG A当中的差异分析的结果。

1. 两个基因在TCGA数据库当中相关分析的结果。

不过呢。。。这个数据库使用的是两个基因原始的TPM数据来进行相关分析的。但是原始TPM的数据是偏态的（看下面的散点图就可以看出来），这样使用Person的话，其实是不适合的，所以结果还是不一定准确的，仅供参考吧。最好还是要么参考 GEPIA2 对数据进行转化成 log2（TPM+1）然后进行相关分析,要么看一下数据的Spearman分析的结果。

数据库总结

对于这类总结已经发表的文献的数据库，其实最重要的还是更新的速度，毕竟总结的都是既往发表的文献嘛。如果这样的数据库知识在发表的就更新一次，那过一些时间数据就太老了，也就没有很大的使用价值了，但是至少 miRTarBase 和 TarBase 一直在更新的，所以也还好。至于 LncTarD 由于是今年刚刚发表的，所以就算不更新，那两年之内应该也是可以使用的。

好了，今天就到这里。如果对你有帮助记得分享一下的哦！