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conda管理C源代码程序的时候总是出现库文件冲突或者缺失

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生信技能树
发布2020-10-27 16:47:03
8790
发布2020-10-27 16:47:03
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文章被收录于专栏:生信技能树生信技能树

现在初学者都喜欢使用conda来管理软件环境,安装方法代码如下:

代码语言:javascript
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#一路yes下去
wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
bash Miniconda3-4.6.14-Linux-x86_64.sh
source ~/.bashrc

## 安装好conda后需要设置镜像。
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

conda  create -n atac -y   python=2 bwa

其中最常用的samtools却总是报错,安装方法如下:

代码语言:javascript
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conda activate atac
conda install -y  samtools  

报错如下:

代码语言:javascript
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samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directory 

好不容易才把samtools安装了指定版本后解决了bugs,解决方法代码如下:

代码语言:javascript
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conda search samtools
conda install -y  samtools=1.11
# 另外我搜索到另外一个解决方案:conda install samtools openssl=1.0

但是另外一个软件(sambamba)又开始作妖:

代码语言:javascript
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sambamba: error while loading shared libraries: libphobos2-ldc-shared.so.81: cannot open shared object file: No such file or directory

同样的,也是需要安装指定版本软件,才能避免报错啊!

代码语言:javascript
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conda search sambamba
conda install  sambamba=0.6.6

考大家一个问题

下面的报错截图,你点评一下:

然后给出你的解决方案!

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原始发表:2020-10-14,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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