STAR安装与使用

生信编程日常

发布于 2020-10-29 11:16:49

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发布于 2020-10-29 11:16:49

文章被收录于专栏：生物信息学、python、R、linux生物信息学、python、R、linux

首先，先回顾一下STAR的使用流程：

安装最新版本的STAR可以使用conda

conda install -c bioconda star
conda install -c bioconda/label/cf201901 star

但是当我使用最新版本的STAR跑之前版本STAR建立的index时，遇到这样的报错：

因此，我需要重新安装旧版本的STAR.下载网址：https://github.com/alexdobin/STAR/releases/tag/STAR_2.4.2a

wget https://github.com/alexdobin/STAR/releases/tag/STAR_2.4.2a
tar -xzf STAR_2.4.2a.tar.gz
cd STAR_2.4.2a
# Build STAR
cd source
make STAR

STAR 建立index

STAR --runThreadN 6 --runMode genomeGenerate \
 --genomeDir ~/reference/index/STAR/mm10/ \
 --genomeFastaFiles ~/reference/genome/mm10/GRCm38.p5.genome.fa \ 
 --sjdbGTFfile ~/annotation/mm10/gencode.vM13.annotation.gtf \
 --sjdbOverhang 100

--runThreadN ：线程数 --genomeDir ：index输出的路径 --genomeFastaFiles ：参考基因组 --sjdbGTFfile ：参考基因组注释文件 --sjdbOverhang ：这个是reads长度的最大值减1，默认是100

STAR比对

STAR --runThreadN 20 --genomeDir ~/reference/index/STAR/mm10/ \
 --readFilesIn  test_1.fastq test_2.fastq \
 --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \
 --outFileNamePrefix ./test

--readFilesIn ：paired reads文件 --outSAMtype ：表示输出默认排序的bam文件 --outFileNamePrefix ：前缀参考：https://www.pellegrini.mcdb.ucla.edu/pellegrini/pellegrinilabscps/SCP_RNAseq_STAR.pdf https://www.bioinfo-scrounger.com/archives/288/

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