分享是一种态度
作者 | 周运来
男,
一个长大了才会遇到的帅哥,
稳健,潇洒,大方,靠谱。
一段生信缘,一棵技能树,
生信技能树核心成员,单细胞天地特约撰稿人,简书创作者,单细胞数据科学家
https://bmbl.bmi.osumc.edu/iris3/index.php
术语regulon最早是由Maas等人在1964年提出的,旨在命名一组最大的共调控基因,这些基因可能分散在基因组中,在其基因组位置上没有明显的模式。基于此,我们首次将CTSR (cell-type-specific regulon)定义为一组在特定细胞类型中接受相似调控信号的基因,因此在该细胞类型中往往具有相似的表达模式和保守基序。成功的阐明CTSRs将大大提高转录共调控基因模块的识别,实际允许可靠预测编码在特定细胞类型的转录调控网络。其pipeline如下:
其实对regulon 我们不会陌生,因为在SCENIC中我们就接触了这个概念。SCENIC可以识别Regulon调控子以及每个细胞的Regulon活性得分(RAS, regulon activity score);通过计算Regulon特异性得分(RSS, Regulon specificity score)获取Regulon与每种细胞类型的特定对应关系;利用Regulon的关联特异性指数(CSI, connection specificity index)表示不同Regulon之间的关联性,同时具有较高CSI的Regulon可能共同调控下游基因,并共同负责细胞功能。也就是我们说的从基因调控的角度反映细胞特定的状态。
我们看到IRIS3虽然嵌套了Seurat等分析软件,但是它并不是一个R包,而是一个PHP写的网页版。其源码在:https://github.com/OSU-BMBL/IRIS3
打开一看很多R脚本和perl脚本:
我们走一个例子。
上传完很容易得到结果:
每个分群下Regulon 热图
热图调节起来很方便
Cell-gene-regulon heatmap for cell cluster 的基因list下载
也是每个群的 Regulon 的详细信息。
Note: The RSS of a regulon is calculated by comparing the activity of its component genes in the current cell type to all the rest cells. For example, CT1-R1 (CTSR) means the Regulon #1 is specifically active in cell type #1 based on its significant RSS (adjusted p-value > 0.001).
下面是每一个 CTSR的信息,可以看到有
热图
ATACpeak
TADcovered gene
Regulon umap
Trajectory
Motif的 open 之后更有详细的信息:
最后,你可以下载所有文件:
关于原理和常见问题作者整理在了 :https://bmbl.bmi.osumc.edu/iris3/more.php#4FAQ
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二十年前做科研你只需要检测一些基因在一些癌症细胞系表达量情况即可
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