PROGENy ||推断通路活性

异常细胞信号会引起癌症等其他疾病，并且是常见的治疗的靶点。常可以通过基因的表达来推断某个信号通路的活性。然而，只考虑基因表达对通路的作用往往忽略了翻译后修饰的作用，并且下游信号代表非常特定的实验条件。在这里，作者提出介绍PROGENy，这是一种通过利用大量公开可用的扰动实验，来克服了这两个局限性的方法。与现有方法不同，PROGENy可以（i）恢复已知驱动基因突变的作用，（ii）提供或改善药物的marker，以及（iii）区分致癌和肿瘤抑制途径，以确保患者生存。

PROGENy可以从基因表达数据中推断14种信号通路（雄激素，雌激素，EGFR，低氧，JAK-STAT，MAPK，NFkB，PI3K，p53，TGFb，TNFa，Trail，VEGF和WNT）的通路活性。默认情况下，途径活动推断是基于相应的途径扰动后前100个响应性最高的基因的基因集，我们将其称为途径的足迹基因。为每个足迹基因分配一个权重，该权重表示对路径扰动进行调节的强度和方向。途径得分是通过表达和足迹基因权重乘积的加权总和计算得出的。 例如：在pbmc单细胞数据中识别通路活性。

文章原文：https://www.nature.com/articles/s41467-017-02391-6 代码实现：https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/progeny/inst/doc/ProgenySingleCell.html