TCGA在线神器！这个全新网页帮你零代码搞定特定基因家族分析！

生物信息学分析对实验是重要的辅助和补充。癌症基因组图谱（TCGA）是肿瘤研究中重要的数据库，然而因为其数据集规模较大，复杂度较高，下载数据进行分析困难较多。在做TCGA数据分析时，GEPIA等网页工具给操作带了极大的便利，能够使分析绘图更加快速简单。今天我们介绍一款新的TCGA网页神器，有助于大家更为便捷，高效的进行数据分析和画图。

这款工具是今年2月发表于生物信息学老牌经典期刊Bioinformatics （IF=5.61）的KRAB ZNF explorer（KRAB ZNF explorer – the online tool for the exploration of the transcriptomic profiles of KRAB-ZNF factors in The Cancer Genome Atlas）。作者是波兰首都华沙大学的Cylwa，Biecek等人。工具的网址为：

http://mi2.mini.pw.edu.pl:8080/KRAB_ZNF/

KRAB-ZNFs (Krüppel-associated box domain zinc finger proteins)：是最大的锌指蛋白家族,也是最大的表观遗传抑制剂。这些蛋白在细胞信号转导、细胞生长、分化中起到重要作用。KRAB-ZNF家族中的一些成员也参与癌症的发生发展。然而大多数KRAB-ZNF因子的功能却尚且未被探索。

这个工具能够让用户研究381种KRAB-ZNF在30多种TCGA癌症中的功能，揭示KRAB-ZNF家族因子参与癌症的新的线索。其中包括：

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正常组织和癌症组织KRAB-ZNF表达的比较分析

首先我们选择Expression in Normal vs Tumor 一栏，在页面左边，选择想要进行研究的肿瘤类型（例如以LUSC 为示范），选择研究的KRAB-ZNF因子（例如选ZNF8,ZNF275,ZNF175,ZNF205为示范），并对参数进行设定。运行后，会在界面右边得到结果图片和数据，图片可以下载tiff, pdf, eps三种格式，数据可以下载csv, txt格式。

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KRAB-ZNF的表达和多种临床-病理参数的联系

进入Clinical Parameters一栏，以LUSC cohort，ZNF275基因为例，在subtype一栏，有“expression subtype”, “gender”, “histological type”, “smoking history”,“pathologic M” , “pathologic T”, “pathologic N” 等分类标准可以选择。接下来设置linear scale 或者log scale, 以及对scale minimum ，font size进行设定，就可以在界面右边得到可供下载的结果图片和数据。例如：

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生存分析

进入“Survival Analysis”一栏，绘制Kaplan-Meier曲线;例如选取KRBA2 基因，KIPAN cohort，并以系统默认参数进行设定，在界面右边出现Kaplan-Meier曲线以及基因表达的分布。可以下载png, pdf, eps, tiff四种格式。另外还可以绘制所选基因热图;生成log-rank检验表格。

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KRAB-ZNF表达与DNA甲基化的关系分析

进入“Methylation and Expression”一栏，利用t检验分析两组患者CpG甲基化差异，以最高10%和最低10%表达水平进行分组。同样可下载结果表格。

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KRAB-ZNF异构体的分析

进入Isoforms Expression一栏，首先可以生成每个队列中正常组织和肿瘤组织异构体表达t检验的结果表格，其次，对于选中的队列和基因，用户可以下载每个异构体的表达箱线图，

还可以绘制异构体在选中的基因和队列中的表达百分比，也可以绘制在所有队列中的表达条形图。

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KRAB-ZNF在正常组织中的对比分析

进入Expression in Normal Tissue一栏，可以选择一系列KRAB-ZNF因子，绘制在所有正常组织中的表达热图，以及基因表达的箱线图，和下载相关的统计数据。

这个工具与其他泛化工具（例如大家常用的GEPIA）相比，专注KRAB-ZNF 家族的300多基因，研究更深入，功能更丰富，数据下载也更全面，对于研究KRAB ZNF这个最大的表观遗传抑制剂家族的科研人员有很好的辅助作用。同时，因为这款工具专注于对一部分基因进行深入探索，研究更为垂直，也为未来生信工具的开发，提供了新的思路和方向。

参考文献

Cylwa Rafał,Kiełczewski Kornel,Machnik Marta et al. KRAB ZNF explorer-the online tool for the exploration of the transcriptomic profiles of KRAB-ZNF factors in The Cancer Genome Atlas.[J] .Bioinformatics, 2020, 36: 980-981.