生信神器带你揭秘细胞死亡新模式

铁死亡是一种依赖铁的调节细胞死亡的新模式。细胞因内部脂质活性氧物质的有毒积累而死亡。它与多种人类疾病（例如癌症和退化性疾病）紧密相关。铁死亡过程很复杂，由多种代谢物和生物分子组成。尽管目前对铁死亡的研究已经有了一定的进展，但铁死亡的发病机理仍然需要进一步探索研究。现如今铁死亡已成为除m6A、自噬、代谢、免疫等明星研究的又一大热点，因此找到有效分析和利用铁死亡数据的方法至关重要。FerrDb网站，绝对是铁死亡研究分析的利器！

FerrDb数据库是由我国广州医科大学附属脑科医院、四川大学生命科学学院以及生物资源与生态环境教育部重点实验研究团队共同建成的，FerrDb是现如今第一个人工整理的铁死亡数据库，用于管理和鉴定铁死亡相关的标志物和调控因子以及铁死亡关联疾病的数据库。它会定期更新以保证对科学研究者的长期服务。FerrDb中的数据都可免费下载和使用。

FerrDb数据库从PubMed数据库下载了784篇关于铁死亡研究的文章。从这些文章中提取并修饰铁死亡相关的标志物和调控因子以及铁死亡关联疾病。最后，整理了253个调控因子（包括108个驱动因子，69个抑制因子，35个诱导因子和41个抑制剂），111个标记和95个铁死亡相关疾病。FerrDb数据库操作简便，实用性强，网站内部数据会每6个月一更新，保证数据的前沿性。FerrDb将会帮助正在研究铁死亡基因的科研人员提供新的见解，并且可以为苦恼于寻找热点设计课题的研究者提供新的思路。

FerrDb网址：http://www.zhounan.org/ferrdb

点击数据库网址链接，进入网站首页我们可以看到数据库的主要功能简介以及铁死亡基因及其功能分类的导向链接。

一

直接检索铁死亡基因

①在检索框中，输入我们想讨研究的铁死亡基因，我们以GPX4为例。在结果页面我们可以看到相关GPX4的信息，包括ID、验证方法、实验对象和作用途径等等。

②点击蓝色链接，可以直接进入Uniport网站查看该基因其他更多的详细信息。

③在网站首页我们可以看到有六个研究模块，包括Drivers ，Suppressors ，Markers ，Inducers， Inhibiters和 ，Diseases 。

(1).Drivers模块研究促进铁死亡的基因。

(2).Suppressors模块研究抑制铁死亡的基因。

(3).Markers模块研究标记铁死亡发生的基因。

(4).Inducers 模块研究可以引起铁死亡的小分子。

(5).Inhibiters模块研究可以抑制铁死亡的小分子。

(6).Diseases模块研究与肥大病有关的疾病以及肥大病对疾病有什么影响。

二

使用六种分析模块

我们以Driver分析模块为例

❶ 点击Driver图标。

在结果页面会显示所有铁死亡驱动基因及其基因名、试验验证方法、实验对象等等详细信息。

❷ 如果文本因空间有限只显示了部分内容，点击标题右侧小方块“省略号”可以查看完整题目，与之前相同，点击View方块可以查看该基因驱动铁死亡的作用通路，点击表格最右侧蓝色链接进入Uniport网站可以查看该驱动基因的其他详细信息。

❸ 在网站首页右上角，鼠标悬停在Browse处浏览数据，选择Driver模块进行分析。

在数据表中，项目按行列出。可以单击表标题对行进行排序。表格内容可通过表格右上方的搜索框进行搜索。

三

铁死亡数据集与调控网络

①分类下载铁死亡数据集

在网站主页，单击右上角“Download”。

这里会显示各种铁死亡基因集的分布、数量等情况。表格里显示：驱动器（108）+抑制器（69）+标记（111）= 288，总数不是259是因为其中的28个基因是多注释基因，如右侧韦恩图所展示的情况。

FerrDb中的数据可免费下载和使用。根据所需要的不同注释数据集可以分别进行下载。为了满足使用者的各种需求，网站提供了不同的文件格式（即XLSX，CSV，JSON）。可以参考下表获取所需的文件。

我们若选择 xlsx格式下载，会发现表中的数据和在网站各界面得到的分析结果格式是完全相同的。

②查看调控网络

在网站首页右上角，将鼠标悬停于Utilities上，选择Regulation network选项。

选择一个网络模块，然后将显示一个色彩丰富的调控网络。黑色菱形表示铁死亡调节因子（例如基因），灰色圆圈表示所涉及的其他调控因子，带三通头的橙色线表示促进作用，而带箭头的草绿色线表示抑制作用。菱形的大小表示实验计数。实验次数越多，节点大小越大。

如果想单独看某一个铁死亡调节因子的网络调控，只需要单击该基因图形，即会独自显示该基因相关调控网络，在空白处鼠标左键单击即可还原所有网络调控图形。

一个新颖的课题不仅需要靠紧一个新的疾病研究方向，也要有一个关键基因撑起门面，高分文章换一个疾病表型，或者换一个靶基因进行研究已成为人们心中默认的研究套路，但是压宝有风险，投资需谨慎，有什么方法可以寻找到避雷捷径呢？FerrDb数据库可以助你轻松入门铁死亡研究热点，收集了最新的铁死亡研究机制，终于不用再熬夜看文献了。

不同的铁死亡相关基因具有不同的疾病研究通路，FerrDb网站直接展示出可参考的基因研究实验方法、作用途径。Drivers ，Suppressors ，Markers ，Inducers， Inhibiters和 Diseases 六个分析模块可以分别分析不同类别的铁死亡因子。网站的调控网络模块不仅可以查看铁死亡基因之间的关系，也可以查看与除铁死亡基因外其他调控基因的相互作用，选中一个靶基因，即可展示出一条清晰的作用途径。对于正在进行生物信息分析的研究人员，下载FerrDb数据库中的铁死亡基因，替换纯生信高分文章中的基因集，又是一个高分文章思路。而且网站对基因集进行了分类，我们还可以按类别分别进行数据分析，这才是物尽其用啊！

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