cncRNAdb研究，怎能少了这个数据库？

分子生物学的“中心法则”通常将信使RNA(mRNA)作为蛋白质合成中携带信息的中间产物。近些年来，各种不编码蛋白的RNA（ncRNA）被发现，如microRNAs、lncRNA和CircRNA，其功能范围包括从表观遗传调控到转录调控和信号转导。因此，目前对RNA主要根据蛋白质编码能力分为mRNA和ncRNA。

然而，近年来的研究表明，许多以前注释为ncRNA的RNA具有蛋白质编码功能。例如，LncRNA LINC00961可编码一种名为SPAR的肽，它可以与溶酶体v-ATPase相互作用，负向调节mTORC1的激活。另一方面，一些mRNA也被证明具有独立于其所编码蛋白质的非编码功能。例如，p53的mRNA可以与MDM2相互作用，阻断E3连接酶的活性，刺激p53 mRNA的翻译。这些研究证据表明，在某些情况下，某些mRNA可能能够发挥与ncRNAs类似的调控功能。

有鉴于此，研究人员将同时具有蛋白质编码和非编码功能的RNA被称为“cncRNA”。在某种意义上，cncRNA的发现模糊了“编码”和“非编码”RNA之间的界限，并促使研究人员重新考虑RNA的功能和进化。近年来，越来越多的cncRNAs被鉴定出来，包括可翻译的（translated）ncRNAs和可不被翻译（untranslated ）的mRNAs，也有一些研究开始结合不同的高通量实验技术，如质谱、核糖体图谱和基于CRISPR的筛选来识别cncRNAs。

近日南方医科大学的Yang Zhang教授课题组在国际著名学术期刊《Nucleic acids research》发表了cncRNAdb数据库，该数据库记录了约2600条人工整理的cncRNA功能条目，并提供了实验证据，涉及20多个物种的2000多个RNA(包括1300多个可翻译的ncRNA和600多个翻译的mRNA)。cncRNAdb的网址为：http://www.rna-society.org/cncrnadb/

下面小编将为大家介绍下该数据库的基本情况：

一

主页展示

进入数据库后，大家可以在顶部看到一些重要的模块，下面会有对该数据库的介绍和数据统计情况。

二

Search模块

点击进入Search模块后，可以看到3中搜索模式

❶ 大家可以在选择好“RNA Type”和“Organism”后，在下拉栏里选择“Gene Name”或者“Disease Name”，再在输入栏里输入基因名或者疾病名，点击搜索就可以显示结果;

❷ 另外，大家也可以通过定位染色体位置信息来搜索cncRNA;

❸ 最后，还可以通过输入蛋白质或者核酸序列信息进行搜索。

我们以数据库中默认的VEGFA为例进行搜索，得到如下结果搜索界面，点击右上角的Download信息可以下载结果，也可以通过点击Detail栏里的more来查看具体信息。

Detail里包含如下数据信息:

① 基本信息，如基因名，不同类型的ID，染色体定位信息，物种

② 实验证据信息，如实验类型、实验方法、细胞类型、实验证据描述。

③ 同源信息，在其他物种里的同源结果。

④ 文献来源信息和亚细胞定位信息。

三

Browse模块

开发人员在这部分做了一个结构树来展示数据库所包含的数据。大家可以根据自己的兴趣和需要，进行查找，点击白色的图标就可以进去查看相关结果。

得到的结果如下界面所示。会有包括RNA类型、肽段长度、组织或细胞类型以及物种信息，大家同样可以通过点击“more”来查看信息，得到的结果跟上面一致。

四

submit模块

在这个模块里，大家可以提交自己的研究里所发现的cncRNA数据信息

五

Downdload模块

如果大家需要把数据下下来自己慢慢地淘金，也可以在Download界面把相关数据都下载下来。

以上就是对cncRNA数据库的介绍。总而言之，cncRNAdb作为这个细分领域的第一个数据库，提供了一个用户友好的界面来查询和浏览这些cncRNAs的详细信息，给大家节省时间精力的同时，可以帮助大家整合、分析和预测cncRNA的同时，从而更好地对RNA的结构和功能进行研究。