10月数据库汇总

截止9.21-10.21之间总共 发表了在线医学相关数据库49个。由于微生物和病毒方面的数据库比较多。所以相较于之前的汇总,我们增加了微生物和病毒相关数据库的模块。

疾病相关数据库

在整个十月之间,其中疾病方面发表了三个数据库。其中两个属于利用公共数据库构建的方便疾病类检索的数据库。一个是小细胞肺癌的数据库和食管癌相关的数据库。

另外一个则比较特殊,这个主要是通过测序的序列来预测感染的病菌的物种,以便可以针对特定菌种来用药。

病毒和微生物相关数据库

这个月总共发表了10个病毒和微生物相关的数据库。其中两个新冠数据库。另外和感染疾病相关的数据库有四个。有三个主要是分析宿主和微生物之间的相互关系。另外还有一个检测和微生物相关的基因有哪些。

在这个里面有一个比较好的是人类宏基因组的数据库。在这个数据库汇总了多个公开的宏基因组的数据,我们可以用来分析多个宏基因组数据。研究宏基因组的童鞋可以关注一下。

DNA相关数据库

在这个部分一共只有三个和DNA相关的数据库。其中CancerImmunityQTL是一个分析SNP对于免疫影响的数据库。这类QTL的数据库,基本上只要有一个方向。都会有一个QTL的数据库。例如:QTL 综合性检索数据库; APA2QTLncRNA2QTL

RNA相关数据库

这个月发表了很多和RNA相关的数据库。其中关于RNA类型的数据库也很多,例如circRNA、gRNA、tRNA、miRNA、lncRNA都有一些针对性的数据库发表。

其中对于双功能RNA(又可以编码蛋白又具有非编码的功能的RNA, cncRNA)可以了解一下。这类多功能的RNA都可以成为研究的创新点的。

另外一个比较好的是一个可变剪切之间蛋白相互作用作用的分析。一直以来,对于好多可变剪切生信文章,其中的蛋白相互功能的预测,其实都是基于基本的异构体来进行预测的。但是一直觉得可变剪切之后功能会发生变化的,所以这样预测的结果相对来说是不准确的。而DIGGER这个数据库就可以来解决这个问题。

其他

其他数据库方便,包括了5个蛋白相关的数据库,和分类比较杂的9个其他数据库以及一个多组学流程化分析软件。这些有兴趣的可以看一下。

在这个里面,有一个用来绘制通路图的工具。这个我们之前也介绍过,如果有兴趣的话,可以看一下我们第二个帖子。

本文分享自微信公众号 - 数据库百科(yxkygjx),作者:Shirlyx

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原始发表时间:2020-11-09

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