是时候把生信技能树平台交给后辈了,前面我介绍了;ggplot2绘图基础功不扎实?看完这5个资源 有一个学员从头到尾学完了这些资源,成长为了绘图小牛,还有自己的公众号,我先邀请他投稿一个笔记,后面有机会再推荐他的公众号!
下面是2月优秀学员投稿
超多朋友咨询R语言可视化的配色问题,我也简单整理了一下,希望对大家有帮助!
首先 scales包的show_col显示颜色函数有大用处,其次函数 colors() 列出了 R 识别的所有颜色名称。具体颜色可在(http://www.stat.columbia.edu/~tzheng/files/Rcolor.pdf)中查看,但是基本上用不上哈,知道有这个知识点就好了 !
对于科研人员来讲,更感兴趣的可能是科研期刊的配色。ggsci 提供了 SCI 科研期刊图形的配色,包括 NPG、AAAS、NEJM、Lancet 等等。
首先是获取颜色,有独立的函数,加载ggsci包即可:
library(ggsci)
cl=pal_lancet("lanonc",alpha = 0.6)(4)
cl
library(scales)
show_col(cl)
内置的配色方案包括:
pal_aaas AAAS Journal Color Palettes
pal_d3 D3.js Color Palettes
pal_futurama The Futurama Color Palettes
pal_gsea The GSEA GenePattern Color Palettes
pal_igv Integrative Genomics Viewer (IGV) Color Palettes
pal_jama Journal of the American Medical Association Color Palettes
pal_jco Journal of Clinical Oncology Color Palettes
pal_lancet Lancet Journal Color Palettes
pal_locuszoom LocusZoom Color Palette
pal_material Material Design Color Palettes
pal_nejm NEJM Color Palettes
pal_npg NPG Journal Color Palettes
pal_rickandmorty Rick and Morty Color Palettes
pal_simpsons The Simpsons Color Palettes
pal_startrek Star Trek Color Palettes
pal_tron Tron Legacy Color Palettes
pal_uchicago The University of Chicago Color Palettes
pal_ucscgb UCSC Genome Browser Color Palette
并且提供了ggplot的整合函数,scale_color_ 系列,以及 scale_fill_系列。color和fill用法区别复习:
用的并不是很多,这两个系列函数,自己搞清楚需要的颜色种类,获取到,然后自己应用它即可。
专注于调色的R包:RColorBrewer,首先是显示所有的 调色板 display.brewer.all() 函数:
library(RColorBrewer)
display.brewer.all()
其次是 获取颜色,有独立的函数, brewer.pal 即可:
color1 <- brewer.pal(8, "Set1")
color2 <- brewer.pal(8, "Set2")
library(scales)
show_col(color1)
show_col(color2)
只需要更新调色板,就可以获取各种各样的配色啦。。。
跟前面的专注于调色的R包:RColorBrewer有点类似,也是内置了各种各样的配色体系。
library(grDevices)
## list available HCL color palettes
hcl.pals("qualitative")
hcl.pals("sequential")
hcl.pals("diverging")
hcl.pals("divergingx")
再多其实也用不上了,反正我自己就是使用ggsci而已!