metaVIPER||识别单细胞中的蛋白活性

探究由病理性事件导致的表型变化，通常通过测定细胞中mRNA得到基因表达谱。相比之下，使用质谱等技术在蛋白质组范围内测量蛋白质表达的技术还存在一些问题，如只覆盖了部分蛋白质，需要大量的组织，并且无法直接捕获蛋白质活性等。为了解决这个问题，该作者开发了一个根据基因表达推断蛋白表达的方法——VIPER，通过对富集的调节子（Regulon）分析对蛋白质活性进行虚拟推断，可以根据基因表达数据，在单个样本的基础上对蛋白质活性进行计算推断。它使用给定蛋白质最直接受到调节的基因表达，例如 转录因子（TF），作为其活性的依据。

文章原文：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5902599/ 代码实现：metaVIPER is implemented in viper function from Bioconductor R-package VIPER: https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/viper.html.