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最佳生物信息工作环境

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简说基因
发布2020-11-19 16:39:43
5330
发布2020-11-19 16:39:43
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文章被收录于专栏:简说基因简说基因

日常工作环境的好坏直接影响我们的心情和效率,这篇文章介绍一下我这些年用得顺手的一些工具。

1.本地电脑

平台: Mac电脑,强烈建议搞生信用Mac air 或 Mac Pro

终端: iTerm2,比系统自带的好用太多

编辑器:

  • 写代码:Visual Studio Code或Sublime Text
  • 写Markdown文档:Typora
  • R画图:当然是Rstudio了
  • 工作日记:印象笔记,工作日志在一处记录,所有平台都能同步(电脑,手机,平板)

2.服务器

操作系统: Ubuntu首选,其次Centos,因为Centos为了追求稳定,内核往往比较旧,有时候一些软件会安装不上,非常麻烦。

Shell: Bash,建议安装bash-it主题

编辑器: vim,编辑器之神, 一般Linux系统都自带,这也是用它的好处之一,无需安装,学会这一个,在任务服务器上都能编辑文本文件(这也是我们打交道最多的一种文件格式,不管是Shell, Python, PerlR脚本,还是Fasta/Fastq格式的序列文件,本质上都是文本文件)

生信软件安装: 先安装Anaconda,然后添加bioconda源来实现安装生信软件的目的,文末附有我的Anaconda配置文件.condarc,添加了清华大学的镜像。

查看后台任务: htop,由于经常要看后台的任务没有没跑完,htop比系统自带的top命令好用

代码管理: GitHub,生信人平时会写很多脚本,这些脚本在未来某一天可能会再次用到,因此养成良好的备份代码的习惯非常重要,这样日积月累,自己的套路就会越积越多。

以上,就是我的工作环境,供大家参考。

附:

Anaconda配置文件.condarc文件(位于用户家目录~下):

代码语言:javascript
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channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
  - bioconda
  - r
  - defaults
  - conda-forge
show_channel_urls: true
ssl_verify: false

[1] iTerm2: https://www.iterm2.com/ [2] Visual Studio Code: https://code.visualstudio.com/ [3] Sublime Text: http://www.sublimetext.com/3 [4] Typora: https://www.typora.io/ [5] Rstudio: https://rstudio.com/products/rstudio/ [6] 印象笔记: https://www.yinxiang.com/ [7] bash-it主题: https://github.com/Bash-it/bash-it [8] Anaconda: https://www.anaconda.com/ [9] GitHub: https://github.com/


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原始发表:2020-07-21,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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