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Mantel correlogram

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Listenlii-生物信息知识分享

发布于 2020-11-23 14:14:02

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发布于 2020-11-23 14:14:02

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文章被收录于专栏：Listenlii的生物信息笔记Listenlii的生物信息笔记

Stegen（基于βNTI和RCbray）的群落构建方法

中提到了Mantel correlogram，试着画了一下。

随便找了个OTU，计算weighted和unweighted Unifrac距离矩阵和环境因子距离矩阵，分别用vegan的mantel.correlog和ecodist的mgram函数画图：

发现weighted和unweighted之间存在差别。而更大的差别出现在不同的函数中。因此用的时候还是需要小心。

且我的结果基本都是不显著的。那么又引出一个问题：显著的系统发育信号在微生物群落中是普遍存在的吗？

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原始发表：2020-11-18，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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