Deblur原文都是16S数据。其使用也主要针对16S,默认的正向筛选数据库是Greengene。
但如果处理18S或ITS数据该选什么数据库呢?
我在Github问了作者,作者回答说他也没经验,没法推荐数据库。
不过作者说正向筛选不是强制性的,建议不设置参考数据库,看结果中非18S/ITS序列是否丰度很高,物种都是什么。然后再考虑进行针对性的筛选。
方法也很简单,直接默认做Deblur就行,默认Greengene数据库。
结果的众多文件中reference-hit.biom是根据数据库筛选出的,这个就不用了。
要的是all.biom这个文件,包含了数据库匹配上的和没有匹配上的所有结果。把这个做为ASV就好了。。。
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一个环境工程专业却做生信分析的深井冰博士,深受拖延症的困扰。想给自己一点压力,争取能够不定期分享学到的生信小技能,亦或看文献过程中的一些笔记与小收获,记录生活中的杂七杂八。
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