metricTester：构建系统发育指数和零模型R包

Listenlii-生物信息知识分享

发布于 2020-12-02 10:57:20

9040

发布于 2020-12-02 10:57:20

文章被收录于专栏：Listenlii的生物信息笔记Listenlii的生物信息笔记

前文： Ecography:群落系统发育结构度量和零模型：新方法和新软件的综述 综述了众多系统发育指标和零模型。本文简要介绍其实现的R包metricTester

Link:

https://github.com/eliotmiller/metricTester

安装

1library(devtools)
2install_github("eliotmiller/metricTester")
3library(metricTester)

注意装的时候可能会报错，依赖的spacodiR包装不上。这个包已经被CRAN移除了，需要手动下载本地安装后再装metricTester。下载地址： https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/spacodiR/

另外R版本也有影响。我用4.0.2装不上，但是3.6.1可以。

一个最简单的例子

 1#构建一个出生率0.1，死亡率0的系统发育树
 2tree <- geiger::sim.bdtree(b = 0.1, d = 0, stop = "taxa", n = 50)
 3#模拟对数正态分布
 4sim.abundances <- round(rlnorm(5000, meanlog = 2, sdlog = 1)) + 1
 5#构建模拟群落
 6cdm <- simulateComm(tree, richness.vector = 10:25, abundances = sim.abundances)
 7#结合度量和零模型进行模拟
 8#零模型为richness，度量为richness和NAW_MPD
 9test <- expectations(picante.cdm=cdm, tree=tree, optional.dists=NULL,
10                     regional.abundance=NULL, distances.among=NULL, randomizations=3, cores="seq",
11                     nulls="richness", metrics=c("richness", "NAW_MPD"),
12                     concat.by="both", output.raw=FALSE)
13
14#结果给出了每种度量值+零模型的结果。
15$richness
16$richness$richness
17  richness NAW_MPD.average NAW_MPD.sd NAW_MPD.lower NAW_MPD.upper
181       10        48.13491   3.621017      45.60320      51.98909
192       11        47.79148   3.568949      45.18245      51.57259
203       12        48.92358   1.576822      47.69979      50.57764
214       13        47.52658   2.325265      45.49173      49.86934
22
23$richness$plot
24   plot NAW_MPD.average NAW_MPD.sd NAW_MPD.lower NAW_MPD.upper
251 plot1        48.13491   3.621017      45.60320      51.98909
262 plot2        47.79148   3.568949      45.18245      51.57259
273 plot3        48.92358   1.576822      47.69979      50.57764
284 plot4        47.52658   2.325265      45.49173      49.86934