conda:基于python的软件管理系统

欢迎关注”生信修炼手册”!

python语言在发展的过程中，经历了python2到python3的迁移，对应的包也出现了多个版本。如何在一台服务器上同时安装不同版本的python,不同版本的package, 而且不互相干扰，是一个令人头痛的问题。

为了解决这个问题，首先是virtualenv这个包的发明，实现了python环境的隔离，接下来就是conda的出现，conda不仅仅解决了python的环境隔离问题，还进一步扩展，支持任意软件的隔离。

conda是一套基于python语言的软件环境管理系统，其通过如下两个基本概念来保证不同软件的共存和互不干扰

1.environments

2.packages

environments表示软件环境，不同的environments之间是相互隔离的，从而保证了互不干扰；packages是安装在environment中的一系列具体的软件包，借助environment的相互隔离在保证其独立性。

对于这套软件系统，有两个具体的软件都对其进行了封装

1. Anaconda

2. Miniconda

都各自集成了python,conda以及一些开发用的软件，其中Anaconda包含的软件更多，1500个以上，而且还提供了Anoconda Navigator, 一套图形界面工具，在帮助管理conda的environments和packages。

对于初学conda和python，喜欢GUI的同学而言，安装Anaconda是不错的选择，对于有一定基础，独爱命令行的人而言，建议选择Miniconda。

Anaconda的下载地址如下

https://www.anaconda.com/products/individual

Miniconda的下载地址如下

https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html

从安装文件的大小也可以看出，Anaconda是Miniconda的8倍多。安装过程比较简单，需要记住的一点是，不要将可执行程序添加到环境变量，因为软件本身会安装一个版本的python, 添加环境变变量会覆盖系统已有的python，会出现之前已经安装的包使用不了的情况

在安装程序中， 也是不推荐你直接添加环境变量的。这就意味着，你需要切换到对应的安装目录下，才可以访问其可执行程序。安装好之后，可以通过如下命令来查看是否安装成功

conda -V
conda 4.9.0

上述命令会显示conda的版本号。如果正确显示了版本号，说明安装成功了。要熟练使用和掌握conda这套系统，需要对以下3个组分进行详细学习

1. environments，软件环境，一个环境包含了许多的packages

2. packages,包，具体的需要安装的软件

3. channels, 类似源的概念，提供了包的下载地址，不同的源包含的packages不同，访问速度也不一样

对于一个environment而言，我们要学会创建，导入/导出，删除，切换等操作；对于packages而言，我们需要学会查找，安装，更新，使用，删除等操作；对于channels而言，我们需要学会新增和删除channels。在后续的文章中，会对这些内容进行详细的描述。

·end·

—如果喜欢，快分享给你的朋友们吧—

原创不易，欢迎收藏，点赞，转发！生信知识浩瀚如海，在生信学习的道路上，让我们一起并肩作战！

本公众号深耕耘生信领域多年，具有丰富的数据分析经验，致力于提供真正有价值的数据分析服务，擅长个性化分析，欢迎有需要的老师和同学前来咨询。