clustree为聚类可视化

生信编程日常

发布于 2020-12-22 15:24:13

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发布于 2020-12-22 15:24:13

文章被收录于专栏：生物信息学、python、R、linux生物信息学、python、R、linux

在单细胞的研究中，经常需要做的就是聚类。在聚类的时候，对于聚出多少个cluster，一个相关的参数是resolution，当数值小的时候，cluster少，数值大的时候，cluster多。当我们想看到随着resolution变化，cluster变化的过程，可以考虑用clustree这个R包可视化。

（为单细胞分析聚类可视化只是其中的一个功能，其tutorial如下：https://cran.r-project.org/web/packages/clustree/vignettes/clustree.html）

# === 以上省略Seurat包进行单细胞分析的过程====
library(clustree)
test <- FindClusters(FrontalCortex_counts, resolution = seq(0.1, 2, 0.5))
clus.tree.out <- clustree(test)

pdf(file = "test.pdf", width = 15, height = 10)
print(clus.tree.out)
dev.off()

可以得到：