临床微生物高通量测序,主要有 4 个应用场景:感染病原识别、微生物组分析、人宿主免疫应答分析和肿瘤学分析。目的不同,采用的测序策略也不一样。
1.感染病原识别
临床微生物高通量测序,第一个重要目的当然是物种鉴定
,找出感染的病原。其次是功能鉴定,如抗生素抗性、病毒抑制剂抗性和毒力因子预测等。
测序策略:
1.1 非靶向测序
1.2 靶向测序
2.微生物组分析
人体不是一座孤岛,除了自身的基因组外,还有大量微生物的基因组。人在疾病状态下,微生物的多样性可能减少。通过宏基因组分析人体内微生物多样性,能够为是否感染提供线索。
临床微生物组分析最有价值的应用当属益生菌疗法:从健康人的粪便中获取正常的益生菌,制成药丸给患者服用。除细菌感染外,肥胖、炎症性肠病和糖尿病也是益生菌治疗的潜在应用。
测序策略:
3.人宿主免疫应答反应分析
感染病原体检测,临床上侧重于微生物本身。然而,研究人类宿主对感染的免疫应答反应,即通过基因表达的分析可以作为感染检测的补充。这一方法目前虽然还没有应用于临床,但具有非常大的前景。
人类宿主的 RNA-Seq 分析还可以直接从临床样本中识别新的暂未得到充分重视的宿主-微生物互作关系。随着大规模测序技术在临床应用中的发展,也许会出现由宏基因组检测为主,RNA-Seq 分析为辅来提高临床诊断的准确性的应用。
测序策略:
4.肿瘤学应用
肿瘤的全基因组或靶向 NGS 测序,可以同时检测肿瘤相关的突变和病毒,如疱疹病毒、乳头瘤病毒和多瘤病毒。如果是靶向测序,需要事先加入特定的病毒探针。
液体活检样本(如血浆)中获得的细胞游离 DNA 的宏基因组测序,可能用于同时识别早期癌症和诊断免疫功能低下的患者的感染。
测序策略:
参考文献 Chiu C Y , Miller S A . Clinical metagenomics[J]. Nature Reviews Genetics, 2019.