人生并不是只有yes和no两个选择哦

生信技能树

发布于 2021-01-05 10:06:36

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发布于 2021-01-05 10:06:36

通常我们安装R包，是来自于 CRAN或者bioconductor，如果要安装大量R包，我们以前分享过一个简化代码，如下：

## Install packages of dependency
###---> Install packages from Cran
cran.package.list <- c("shiny","shinydashboard","rhandsontable","shinyFiles",
                       "shinyjs","shinyBS","shinyhelper","shinyWidgets",
                       "magrittr","DT","plotly","ggplot2","eulerr",
                       "gridExtra","grid","fastcluster","rmarkdown","base64enc",
                       "ggrepel","zoo","gtools")
for(i in cran.package.list){
   if(!(i %in% rownames(installed.packages()))){
     message('Installing package: ',i)
     install.packages(i,dependencies = T)
   } else next
}

###---> Install packages from Bioconductor
bioconductor.package.list <- c('tximport','edgeR','limma','RUVSeq',
                               'ComplexHeatmap','rhdf5')
for(i in bioconductor.package.list){
  if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
  if(!(i %in% rownames(installed.packages()))){
    message('Installing package: ',i)
    BiocManager::install(i ,dependencies = T)
  } else next
}

但它的前提是你安装过独立的包，有基础知识，才有可能hold住这个批量安装包的代码，这两天就碰到学生使用上面的简化代码失败了。

出现的这个要求升级包的提示

在她自己的电脑上面使用我们的批量安装R包代码出现的这个要求升级包的提示，如下所示：

如果点yes

就会出现R重设置报错，并且出现下面窗口：

如果点no

就会一直显示R程序在运行（运行框代码框的会显示红点），但没有结果。

既然选择yes和no都有问题，那么是不是就无解了呢？

忘记了自己的目标

其实并非是只有yes和no两个选择，就好像新手司机需要横跨两个城市，但是一年实习期并不能上高速，但是即使是跑高速公路失败，难道就没有其他的选择吗？不走高速，难道你就不能出行了？如果你用地图导航，就会发现它有一个选择是不走高速！

同样的道理，我们的目标是安装包，并不一定要使用那个代码，拆解开了，一个个运行，搞清楚为什么会失败即可。完全不需要在这个选择题上面继续纠结下去的。

如果GitHub包下载困难

就需要一点技巧，参考；安装GitHub的R包困难解决方案

# shinyGEO
options()$repos 
options()$BioC_mirror
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options()$repos 
options()$BioC_mirror
library(devtools)
install_github("jasdumas/shinyGEO")
if(!requireNamespace("ThreeDRNAseq", quietly = TRUE))
  devtools::install_github('wyguo/ThreeDRNAseq')

学习R语言的道路千万条，哪一条最重要呢？

本文参与腾讯云自媒体同步曝光计划，分享自微信公众号。

原始发表：2020-12-30，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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