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KEGG 下载 Pathway 通路数据

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白墨石

发布于 2021-01-13 10:57:41

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发布于 2021-01-13 10:57:41

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文章被收录于专栏：生信情报站

进入KEGG物种列表，网址：https://www.kegg.jp/kegg/catalog/org_list.html

这里以小鼠为例，点击Ctrl+F查找物种小鼠的拉丁名Mus musculus 这里也可以用mouse来搜索，不过可以看到在kegg中含有三种鼠的信息。为了信息准确，最好使用拉丁名作为搜索条件。

点击Brite hierarchy

进入KEGG Orthology (KO)

KEGG Orthology 提供了两种可供下载的格式，比如下载htext格式如果提示连接不到网络，可以多次点击，国外网的原因。。。

htext格式如下

下载json格式

json格式如下，这种格式更适合提取数据

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原始发表：2019/12/24 ，如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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