conda install fastqc
这里需要安装Conda (这是一款用于安装多数生物信息分析软件的管理软件,重要的是可以解决软件依赖问题) : Conda 安装使用图文详解
fastqc -t 12 -o out_path sample1_1.fq sample1_2.fq
-o --outdir:输出路径 –extract:结果文件解压缩 –noextract:结果文件压缩 -f --format:输入文件格式.支持bam,sam,fastq文件格式 -t --threads:线程数 -c --contaminants:制定污染序列。文件格式 name[tab]sequence -a --adapters:指定接头序列。文件格式name[tab]sequence -k --kmers:指定kmers长度(2-10bp,默认7bp) -q --quiet: 安静模式
文档:http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/Help/
完全正常(绿),略有异常(橙) )或异常(红)