详解Linux 下 Aspera 获取 SRA 数据

白墨石

发布于 2021-01-13 11:51:14

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发布于 2021-01-13 11:51:14

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1. 下载

官网下载：http://downloads.asperasoft.com/en/downloads/8?list csdn下载：https://download.csdn.net/download/u011262253/10402259

2. 安装

$ tar -zxvf aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.tar.gz
$ ./aspera-connect-3.7.4.147727-linux-64.sh
$ sudo cp ~/.aspera/connect/etc/aspera-license /usr/local/bin/

3. 使用

3.1 下载地址

NCBI的FTP下载链接：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra

EBI的aspera下载链接era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/ERA012/ERA012008/sff/library08_GJ6U61T06.sff

NCBI的aspera下载链接：anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra

通过观察可以发现只需要把ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov换为era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:或anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:

3.2 输入命令

$ ~/.aspera/connect/bin/ascp -k 1 -QT -l 100M -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -T anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra .

命令	含义
~/.aspera/connect/bin/ascp	aspera的可执行文件
-k 1	断点续传
-QT 100M	提高下载速度
-i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh	密钥文件路径
-T anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR507/SRR5077625/SRR5077625.sra	下载路径
.	表示当前目录

需要注意的是命令末尾的 . 密钥文件：终端执行使用~/asperaweb_id_dsa.putty，ssh终端执行使用asperaweb_id_dsa.openssh

3.3 批量下载

$ ~/.aspera/connect/bin/ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.putty --mode recv --host ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov --user anonftp   --file-list aspera_download.txt

4. 问题

错误	Server unable to hear from client (check UDP port and firewall)Client unable to connect to server (check UDP port and firewall)
原因	aspera 需要的端口33001被防火墙禁止
解决	# iptables -I INPUT -p udp --dport 33001 -j ACCEPT# iptables -I OUTPUT -p udp --dport 33001 -j ACCEPT