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RNA二级结构(1)从pdb文件注释RNA二级结构

介绍RNA二级结构

对于RNA的二级结构,最直观的肯定是用图片表示,示意如下:

图片对于分析人员是特别直观的,但是对于软件而言,就无法识别了。为了让程序识别RNA二级结构,专门开发出了一种表示方式,用点号和括号这两种符号来表示对应的二级结构。该表示方法就称之为dot-bracket notation, 其核心思想是利用配对的括号来表示碱基的互补配对,用连续的点号来表示茎环结构,对于下图所示的二级结构。

对应的表达式如下

(((..((((...)))).)))

从左下角第一个黑色圆点对应的碱基开始,一开始是3个配对碱基,所以先用3个(表示,接下来是茎环结构中未配对的两个碱基,用2个.表示,然后是4个配对碱基,再然后是未配对的3个碱基,再往后的配对碱基与前面左括号(表示的碱基相配对,所以用右括号)表示。这种表示方式只采用了两种符号,而且都是计算机可以识别的符号,所以软件也可以识别,在很多软件和数据库中,给出的二级结构都会用这种方式来表示。

介绍RNA二级结构

RNApdbee 2.0: multifunctional tool for RNA structure annotation

使用RNApdbee2.0来注释RNA二级结构

上传pdb文件,选择默认参数,点击run即可。

便可以得到dot bracket格式的RNA二级结构。

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