1. EzReson的获取和安装
EzReson的免费下载网址是:
https://github.com/yangwangmadrid/EzReson
如果电脑装有git,可以在命令行终端执行以下命令直接下载整个EzReson软件包:
git clone https://github.com/yangwangmadrid/EzReson
虽然EzReson是开源免费的,但如果用户在论文、报告或网络媒体中使用到EzReson,则必须引用下列论文:
1. Y. Wang. Phys. Chem. Chem. Phys. 2021, In press (DOI: 10.1039/D0CP06207C). 2. Y. Wang. J. Comput. Chem. 2021, 42, 412–417. |
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EzReson是Python软件包,在安装和运行前需确认一下系统已预装有以下的Python运行环境和Python包:
EzReson的安装很简单,步骤如下:
(1) 将下载后的EzReson/文件夹放到电脑中合适的位置,比如/home/user/app/(注意路径名中最好不要含中文名或空格等特殊字符)。
(2) 在EzReson文件夹下找到ezreson文件,用文本编辑器将变量EZREON_DIR设置为EzReson所在的文件夹路径,如对于上例就是:
export EZREON_DIR="/home/user/app/EzReson/"
保存退出文本编辑器后,在终端下用以下命令将ezreson脚本文件变为可执行:
chmod a+x ezreson
(3) 编辑shell用户配置文件(如使用bash就是用户HOME目录下的.bash_profile或.bashrc文件),将EzReson的安装路径放入PATH环境变量中,如上例就是:
export PATH=${PATH}:/home/user/app/EzReson
(4) 退出终端窗口再重新打开终端,或者在原终端窗口source一下上述修改好的shell用户配置文件。
这样,EzReson就安装配置就绪,可以试着在终端中执行一下ezreson命令,如果看到下列输出则表示已成功安装EzReson:
EzReson version 0.1 (Aug 2020) -- A program for resonance analysis of a DFT wave functionWritten by Yang WANG (yangwang@yzu.edu.cn)Copyright 2020 Yang Wang Usage: python ezreson.py <input-file>
另外,对于Windows用户,为了使用上述方法来安装和运行EzReson,则需预装Linux虚拟终端(如cygwin等)。还有一种简单的解决办法:直接在Windows的命令行终端(cmd.exe)中进入EzReson的安装文件夹,然后敲入以下命令来运行EzReson:
python ezreson.py
2. EzReson的基本运行方法
EzReson的每个运行任务需要一个输入文件,不妨以.in为扩展名(如test.in),其具体内容和格式见下一篇推送。如果在终端中执行EzReson任务,可采用以下命令:
ezreson test.in
如果在Windows的cmd终端中运行任务,可先进入EzReson的安装目录,然后执行:
python ezreson.py test.in
在后面的推送中,我们将通过多个具体实例来展示EzReson的用法。