OpenBabel和RDKit作为常用的化学信息学工具很受青睐,为了防止和其他项目的冲突,将他们单独创建在同一个Python环境。
一、安装Anaconda或Miniconda
Win或者Linux系统下Anaconda或Miniconda安装,不赘述,网上很多教程。
二、创建Python3.x虚拟环境
#创建虚拟环境
conda create -n pydd36 python=3.6 conda
#激活虚拟环境
source activate pydd36
#包安装命令
conda install ipython
(其他包安装,激活环境后安装)
#激活环境运行IPython
source activate pydd36
ipython
#导入openbabel和RDKit
import openbabel, pybel
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem