RDKit：计算不同小分子构象之间的RMSD

摘要：

计算两个小分子之间的RMSD，可以用来判断两个构象的接近程度。

方法：

1

安装Anaconda

Win或Linux系统下安装Anaconda

2

安装RDKit

conda install -c rdkit rdkit

3

RMSD脚本使用

python isoRMSD.py mol1.pdb mol2.pdb rmsd.txt

阅读原文，查看详细的isoRMSD.py脚本。