Rosetta简介及完美安装

前言:

针对目前国内Rosetta中文资源甚少、零散、求助难的问题，我搭建了一个Rosetta中文社区论坛(beta)。

我们的初衷:

• 致力于降低新人入门的门槛，开通问题求助的渠道；
• 收集目前零散的文章和发布高质量教程/资源，打造国内一流的Rosetta学习资源；
• 形成开放、可持续的平台，加强国内科研人员在Rosetta方面的学习和交流。

现状:中文社区目前还在筹划阶段，站点我基本建起来了，但是域名还没被备案。有兴趣的朋友可以看看：http:访问地址为http//148.70.210.81【已经开放注册】(备案后的域名是http://rosettastudy.cn 暂未开放)

同时欢迎关注: 原创Rosetta教程 https://awakenwu.github.io

特此:如果您对Rosetta有一定的基础和实战经验，不妨加入我们，一起共建这个平台~如果您没有接触过Rosetta，有对此有兴趣，不妨加入我们的微信群一起讨论和学习~

致力于搭建Rosetta中文社区的同志可以加我的weixin: kunkunkunkunkun。

本文均在CentOS7(release 7.6.1810)版本下进行过的测试 我推荐使用Clang3.4.2的编译方法。

Rosetta简介

Rosetta是计算结构生物学皇冠上的一颗璀璨明珠，也是人类通往蛋白设计的巴别塔。整个套件内设有蛋白质结构建模和分析的各种采样算法和打分函数，涉及从头蛋白质设计、酶设计、分子对接以及生物大分子和大分子复合物的结构预测等领域。

Rosetta下载

Rosetta的发布有两种主要的形式: 稳定的正式版本(Numbered Release)和每周发行的版本（Weekly Release）,由于每周发行版本会修复bug和新增最新功能，强烈建议下载此版本的源码。

Go to: https://www.rosettacommons.org/software/academic/

Username: Academic_User

Password: Xry3x4

附上百度云:

PyRosetta: 链接:https://pan.baidu.com/s/1YUm3JZbxSi9Urwiw--1dJw 密码:09bt

Rosetta: 链接:https://pan.baidu.com/s/1tZcZ5mmXCALdffDSCm2fkw 密码:z5oh

Rosetta的安装

最新的Rosetta安装依赖OPENMPI以及BOOST.

1.BOOST与其他开发环境

yum install boost-devel libstdc++ zlib zlib-devel bzip2

2. 编译器的选择

使用GCC编译器

最新的Rosetta代码编译依赖完整的C++11特性，因此我们需要更新系统自带的gcc编译器。如果使用gcc-8.21, 完全可以编译通过Rosetta，但是无法自己构建PyRosetta，只能够安装Release版本的PyRosetta

sudo yum install centos-release-sclsudo yum install devtoolset-8scl enable devtoolset-8 zsh

使用Clang编译器

版本Clang 3.4.2, 此外你需要额外编译clang版本的openmpi。clang3.4完全兼容C++11 regex。推荐使用！并且更加灵活和快速。

yum install epel-releaseyum install clang clang-devel clang-analyzer

3.OPENMPI的编译与安装

GCC编译环境:

yum install openmpi openmpi-devel -yecho "export PATH=/usr/lib64/openmpi/bin/:${PATH}" >> ~/.zshrc

Clang编译环境:

#自行编译的方法:clang.并创建软连接。cd openmpi-3.1.0/./configure CC=clang CXX=clang++ --prefix=/usr/local/openmpi_clangmake -j 40make installln -s /usr/local/openmpi_clang/bin/mpirun /usr/local/bin/mpiclang

运行时应该使用mpiclang，而不是mpirun(gcc)，避免影响其他gcc编译软件的并行。

4.Rosetta的编译与安装

环境变量配置：

#Rosettaexport ROSETTA=/mnt/sdd/software/rosetta_src_201x.xx.xxxxxx_bundleexport ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/databaseexport ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/binexport PATH=$PATH:$ROSETTA_BINexport LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH

编译多线程模式版本的Rosetta, 此处以调用40个核编译为例:

cd $ROSETTA/main/source/
# 使用gcc编译:./scons.py -j 40 mode=release bin extras=mpi #gcc
# 使用clang编译:export PATH=/usr/local/openmpi_clang/bin:${PATH} # 暂时输出mpicc_clang./scons.py -j 40 mode=release bin extras=mpi cxx=clang cxx_ver=3.4

测试运行

antibody.mpi.linuxgccrelease # gccantibody.mpi.linuxclangrelease # clang