RDKit相关文章汇总

RDKit简介：

RDKit在2000-2006年期间在Rational Discovery开发和使用，用于构建吸收、分布、代谢、代谢、毒性和生物活性的预测模型。2006年6月Rational Discovery被关闭，但该工具包在BSD许可证下作为开源发布。目前，RDKit的开源开发由诺华积极贡献，其中包括诺华捐赠的源代码。

RDKit提供各种功能，如不同的化学I/O格式，包括SMILES/SMARTS，结构数据格式（SDF），Thor数据树（TDT），Sybyl线符号（SLN），Corina mol2和蛋白质数据库（PDB）。子结构搜索; 标准SMILES; 手性支持；化学转化；化学反应；分子序列化；相似性/多样性选择；二维药效团；分层子图/片段分析; Bemis和Murcko骨架；逆合成组合分析程序（RECAP）; 多分子最大共同亚结构；功能图；基于形状的相似性；基于RMSD的分子分子比对；基于形状的对齐；使用Open3-DALIGN算法的无监督分子-分子比对；与PyMOL进行3D可视化集成；功能组过滤；分子描述符库；相似图；机器学习等等

RDKit安装：

Linux（CentOS 7_x64位）系统安装RDkit

RDKit相似性图：

RDKit toolkit实战：Generating Similarity Maps

RDKit 描述符计算及可视化：

RDKit toolkit实战：描述符计算及可视化

RDKit分子间RMSD计算：

RDKit：计算不同分子或构象之间的RMSD

RDKit：计算不同小分子构象之间的RMSD

RMSD:通过旋转计算两个分子间的最小rmsd

RDKit分子格式转换sdf转smiles：

基于RDKit的Python脚本：SDF格式转SMILES格式

RDKit小分子聚类：

聚类小分子数据集(基于RDKit的Python脚本)

RDKit形状相似性：

RDKit：运用RDKit计算USRCAT（形状相似性）

RDKit化合物骨架分析：

RDKit：化合物骨架分析

基于RDKit的QSAR模型：

基于Pytorch和RDKit建立QSAR模型