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基于R语言的shiny网页工具开发基础系列-06

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生信技能树
发布2021-02-03 16:04:03
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发布2021-02-03 16:04:03
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文章被收录于专栏:生信技能树生信技能树

后起之秀奔涌而至,欢迎大家在《生信技能树》的舞台分享自己的心得体会!

上面是shiny团队的稿件

L6-反应表达式

用反应表达式,快速构建,模块化app

⚠️此篇的线上数据可能有时无法顺利抓取,要多试几次

使用反应表达式

用户会赞叹快速的app,但是你的app有大量运算影响速度了该怎么办呢?

此篇将教你如何用反应表达式精简你的app

反应表达式使你能控制何时更新何处的代码,防止不必要的运算拖慢app的速度

准备工作

  • 在工作目录创建一个名为stockVis的文件夹
  • 下载这两个文件并放到stockVis文件夹中
  • 使用命令runApp("stockVis")启动app

StockVis 用R的quantmod包,如果没有应该安装install.packages("quantmod")

一个新的app-stockVis

stockVis应用程序通过股票代码查找股票价格,并将结果显示为折线图

1.选择一个股票进行考察

2.选择日期范围进行检查

3.选择是画股票价格还是log后的股票价格

4.选择是否为通胀修正价格

注意 “Adjust prices for inflation” 选择框还不能用

此篇接下来的目标就是修复这个选择框

默认情况,stockVis展示SPY股票(S&P 500),可以换上其他yahoo金融识别的代码。

stockVis主要依赖两个来自quantmod包的函数

1.使用getSymbols 直接从网站下载数据到R,比如Yahoo finance,Federal Reserve Bank of St. Louis

2.使用chartSeries 来绘价格图

stockVis也依赖于helpers.R, 包含适应通货膨胀调整股票价格的函数

选择框和日期范围

stockVis 包含一些新的小工具

  • 一个日期范围选择器,使用 dateRangeInput 创建
  • 一对选择框,使用 checkboxInput 创建,选择框小工具很简单,被勾上会返回TRUE,反之FALSE

ui对象中,选择框的name参数是logadjust,意味着在server函数中你可以使用input

log和input

adjust找到他们。(l3和l4讲过)

简化计算

stockVis app有一个问题

当你点击“Plot y axis on the log scale.”会发生检查,input$log的值会发生改变,会引发renderPlot部分的表达式重新运行:

代码语言:javascript
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output$plot <- renderPlot({
  data <- getSymbols(input$symb, src = "yahoo",
                     from = input$dates[1],
                     to = input$dates[2],
                     auto.assign = FALSE)

  chartSeries(data, theme = chartTheme("white"),
              type = "line", log.scale = input$log, TA = NULL)
})

每次renderPlot 重新运行,将会

1.重新使用 getSymbols 从雅虎金融抓取数据

2.重新用正确的坐标轴画图

这不好,因为你不需要重新抓取数据重新画图. 事实上,雅虎金融会切断你的连接,如果过于频繁的抓取数据。当然主要还是不必要的步骤,会拖慢app的速度,消耗服务器带宽。

反应表达式

反应表达式使你能限制重新运行哪个部分。

一个反应表达式是 一个使用 小工具的输入 返回 一个值 的R表达式。每当小工具发生改变,反应表达式就会更新这个值。

创建反应表达式使用reactive函数,把R表达式用花括号括起来,就喝render*函数一样

例如,获取数据的反应表达式

代码语言:javascript
复制
dataInput <- reactive({getSymbols(input$symb, src = "yahoo",
    from = input$dates[1],
    to = input$dates[2],
    auto.assign = FALSE)})

但你运行表达式,他会使用getSymbols 然后返回结果,一个价格数据框。

renderPlot中调用dataInput()你能用表达式获取价格数据。

代码语言:javascript
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output$plot <- renderPlot({    
  chartSeries(dataInput(), theme = chartTheme("white"),
    type = "line", log.scale = input$log, TA = NULL)
})

反应表达式比常规的R函数聪明一点点,他们能缓存他们的值,也知道他们的值何时过时。

也就是说,这意味着第一次运行反应表达式,表达式将会把结果存到计算机的内存中,下次调用反应表达式的时候,就能不做运算的返回这个保存好的结果,也就加速了app

反应表达式将只返回更新的结果,当反应表达式知道结果淘汰了时(小工具发生改变),才会重新计算一个结果,并返回新的结果并保存,直到下次更新。

梳理一下上述行为过程

  • 一个反应表达式在第一次运行时保存它的结果
  • 下次反应表达式被调用时,他会检查保存的值是否过期(小工具是否发生改变)
  • 如果值过期了,反应对象会重新计算(并保存到新的结果)
  • 如果值没有过期,反应表达式会返回保存的值,不做任何计算

此举能够被用作防止shiny重新运行不必要的代码

思考如下stockVis app中,反应表达式如何生效

代码语言:javascript
复制
server <- function(input, output) {

  dataInput <- reactive({
    getSymbols(input$symb, src = "yahoo",
               from = input$dates[1],
               to = input$dates[2],
               auto.assign = FALSE)
  })

  output$plot <- renderPlot({

    chartSeries(dataInput(), theme = chartTheme("white"),
                type = "line", log.scale = input$log, TA = NULL)
  })

}

当你单击“Plot y axis on the log scale”,input$log 将会改变,renderPlot 将会重新处理

  1. renderPlot 将会调用dataInput()
  2. dataInput 将会检查datessymb 小工具没有变化
  3. dataInput 将会返回它保存的数据,没有重新到网站抓取
  4. renderPlot 将会重新画图,使用正确的坐标

依赖

如果用户改变了symb 小工具的股票代码会发生什么?

这将会使renderPlot 画的图过期,但是renderPlot不再调用input

symb。Shiny还能知道input

symb的变化已经使得图过期了吗?

当然,shiny会知道并且会重新作图。shiny会持续追踪output所依赖的那个反应表达式,也包括那个小工具。shiny会重建对象,一旦:

  • 对象的render*函数中,input值改变了
  • 对象的render*函数中,反应表达式过期了

将反应表达式作为一条链中的连接,把input值和output对象连了起来。output中的对象会响应链中任何下游的更改(你可能会塑造一个长链,因为反应表达式可能包含其他反应表达式)

为何仅仅从reactive或者render*调用反应表达式,只有这些R函数能处理反应输出,没有警告的改变。事实上,shiny会防止你在这些函数之外使用反应表达式

热身

是时候修复损坏的选择框,“Adjust prices for inflation.”,让用户能切换价格是否适应通货膨胀

helper.R 中的adjust函数使用由圣路易斯联邦储备银行提供的Consumer Price Index 数据,将历史价格转为当前价格,是如何用代码实现呢?

下面是一个解决方法,但是不理想,请指出为什么?再次提醒应该使用input$log

代码语言:javascript
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server <- function(input, output) {

  dataInput <- reactive({
    getSymbols(input$symb, src = "yahoo",
        from = input$dates[1],
        to = input$dates[2],
        auto.assign = FALSE)
  })

  output$plot <- renderPlot({   
    data <- dataInput()
    if (input$adjust) data <- adjust(dataInput())

    chartSeries(data, theme = chartTheme("white"),
        type = "line", log.scale = input$log, TA = NULL)
  })
}

我的答案:

上述代码中的adjust部分可以不用在renderPlot中

参考答案:

Adjust在renderPlot内部被调用。如果选中了调整框,则每次您从正常y刻度切换到已记录的y刻度时,应用都会重新调整所有价格。这种调整是不必要的工作。

练习

通过加新的反应表达式到app能解决这个问题,反应表达式应该从dataInput取值,然后返回一个数据副本(要不要adjust视情况而定)。

回顾

你能加快你的app,使用反应表达式模块化代码

  • 一个反应表达式从input取值或者来自其他反应表达式,并返回新的值
  • 反应表达式会保存他们的结果,只有在输入改变时重新运算
  • 构建反应表达式使用reactive({ })
  • 调用反应表达式可以用表达式名字加圆括号的形式
  • 只在其他反应表达式内部或者render*函数内部调用反应表达式

我的练习答案

代码语言:javascript
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# Load packages ----
library(shiny)
library(quantmod)

# Source helpers ----
source("helpers.R")

# User interface ----
ui <- fluidPage(
  titlePanel("stockVis"),

  sidebarLayout(
    sidebarPanel(
      helpText("Select a stock to examine.

        Information will be collected from Yahoo finance."),
      textInput("symb", "Symbol", "SPY"),

      dateRangeInput("dates",
                     "Date range",
                     start = as.Date('2013-01-01',format = '%Y-%m-%d'),
                     end = as.character(Sys.Date())),

      br(),
      br(),

      checkboxInput("log", "Plot y axis on log scale",
                    value = FALSE),

      checkboxInput("adjust",
                    "Adjust prices for inflation", value = FALSE)
    ),

    mainPanel(plotOutput("plot"))
  )
)

# Server logic
server <- function(input, output) {

  dataInput <- reactive({
    getSymbols(input$symb, src = "yahoo",
               from = input$dates[1],
               to = input$dates[2],
               auto.assign = FALSE)
  })

  dataAdjust <- reactive({
    data <- dataInput()
    if (input$adjust) data <- adjust(dataInput())
    data
  })

  output$plot <- renderPlot({

    chartSeries(dataAdjust(), theme = chartTheme("white"),
                type = "line", log.scale = input$log, TA = NULL)
  })
}

# Run the app
shinyApp(ui, server)

参考答案

代码语言:javascript
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server <- function(input, output) {

  dataInput <- reactive({  
      getSymbols(input$symb, src = "yahoo",
          from = input$dates[1],
          to = input$dates[2],
          auto.assign = FALSE)
  })

  finalInput <- reactive({
    if (!input$adjust) return(dataInput())
    adjust(dataInput())
  })

  output$plot <- renderPlot({
    chartSeries(finalInput(), theme = chartTheme("white"),
        type = "line", log.scale = input$log, TA = NULL)
  })
}

Reference:

Shiny - Use reactive expressions

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原始发表:2021-01-30,如有侵权请联系 cloudcommunity@tencent.com 删除

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